Fundado en 1985, comenzando a competir a nivel provincial. La llegada a la ciudad del club valenciano, en la por entonces División de Honor, Distrito 10, hace que el club solo decida tener equipos femeninos. Luego de estar sin competir, el club reinicia la actividad con el nombre de Atlético Alzira FS. Después de tres temporadas se decide nuevamente denominarse con el nombre original.
En la temporada 1997-98 obtiene el tÍtulo de Liga Provincial y el consiguiente ascenso a Tercera División. Dos temporadas después, consigue un nuevo tÍtulo y ascender a 1ª Nacional "A".
El club participó en ocho temporadas consecutivas en la categoría de bronce del fútbol sala español, descendiendo en la temporada 2007-08 a 1ª Nacional "B". Tras 10 temporadas en dicha categoría, se regresa a la ya denominada Segunda División B, consigue en su primer año el título3​ y ganando el playoff de ascenso a Segunda División frente al Gomera CFS.En su primera temporada en la categoría de plata logra finalizar en la décima posición.
4 temporadas en Segunda División
9 temporadas en Segunda División B
12 temporadas en Tercera División
Trayectoria Histórica:​
Temporada División Posición
1998-99 1ª Nacional "B"
1999-00 1ª Nacional "B" 1º
2000-01 1ª Nacional "A"
2001-02 1ª Nacional "A" 2º
2002-03 1ª Nacional "A"
2003-04 1ª Nacional "A"
2004-05 1ª Nacional "A"
2005-06 1ª Nacional "A" 6º
2006-07 1ª Nacional "A"
2007-08 1ª Nacional "A"
2008-09 1ª Nacional "B"
2009-10 1ª Nacional "B"
2010-11 1ª Nacional "B"
2011-12 Tercera División
2012-13 Tercera División
2013-14 Tercera División 11º
2014-15 Tercera División 6º
2015-16 Tercera División 9º
2016-17 Tercera División 6º
2017-18 Tercera División 1º
2018-19 Segunda División B 1º
2019-20 Segunda División 10º
2020-21 Segunda División 1º Gr D
2021-22 Segunda División 4º