El club Atlético Benavente F.S. nació en 1.999 como sucesión del anterior club de fútbol sala de la ciudad (Benavente F.S. creado en torno a 1.991) que por motivos administrativos tuvo que cambiar su denominación, continuando su andadura siendo un equipo de referencia por su trayectoria en el fútbol sala en Castilla y León.

Después de varios años en Segunda División B, obtiene el título de liga y el ascenso mediante playoff frente al CD Otxartabe en la temporada 2019-20.1​ En la temporada 2020-2021 compitió en Segunda División Nacional quedando entre los 4 primeros del Subgrupo 1A, lo que le dio acceso a disputar la 2.ª fase de la temporada en la que tenían posibilidades de clasificarse para los Play-Off de ascenso a Primera División Nacional. Finalmente no logró clasificarse entre los 4 mejores de Segunda División Nacional, pero consiguió la permanencia para disputar la próxima temporada en la división de plata del fútbol sala español, siendo este un hito histórico en la primera temporada que disputa en la élite del futsal.

Cuenta con equipos en todas las categorías desde Pre-Benjamín (6-7 años) hasta categoría Sénior (más de 18 años), participando las categorías Cadete (14-15 años) en liga Regional y los Juveniles (16-18 años) en liga de División de Honor Juvenil. Actualmente el equipo sénior se encuentra en la categoría de 3ª División.

Un club gestionado desde la seriedad y el esfuerzo con la intención de continuar siendo un referente en la cantera del fútbol sala en la región tal y como lo avala la proyección de algunos jugadores de nuestra cantera hoy jugando en 1ª División Nacional, 2ª División Nacional, e incluso haber pasado por las filas de la selección Española de F.S. en diferentes categorías.