Comenzó su andadura en las categorías inferiores de la Real Sociedad hasta la temporada 2013/14, que pasa a ser primer entrenador del filial.
Asier Santana llegó a debutar en Primera División, con el primer equipo de la Real Sociedad, el 9 de noviembre del 2014. Ese día los donostiarras vencieron (2-1) al Atlético Madrid en Anoeta.
A raíz de ese partido, el guipuzcoano siguió ligado al primer equipo de la Real Sociedad pero cumpliendo las funciones de segundo entrenador en el cuerpo técnico de David Moyes y de Eusebio Sacristán.
En la 2016/17, Asier firmó por el Real Unión de Irún, equipo del grupo I de Segunda División B. Allí dirigió un total de 54 encuentros en dos campañas.
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