El Club Deportivo Marino fue fundado por unos pescadores de Los Cristianos, que por aquel entonces era un pequeño barrio de Arona. El equipo nació en 1936 lo que le convierte en el más antiguo del sur de la isla. .No obstante no fue hasta el 13 de junio de 1947 cuando se constituyó oficialmente al quedar inscrito en el registro civil con el nombre de Club Deportivo Marino, siendo su primer presidente Segundo Fumero. Sus primeros partidos los jugaba en las salinas de El Guincho cerca de la playa de Las Vistas pero pronto, en 1948, se trasladó al Campo de El Quinto situado también en las proximidades de dicha playa.
El CD Marino tuvo un gran crecimiento en el último cuarto del siglo pasado, cuando las competiciones futbolísticas cobraron mayor importancia en el archipiélago con la creación de la Preferente de Tenerife y el Grupo Canario de Tercera División. Fue uno de los fundadores de la Preferente de Tenerife en el año 1975 y sus buenas actuaciones le sirvieron para ser también uno de los fundadores del grupo canario de la Tercera División en la temporada 1980-81. Tras siete campañas en este nivel finalizando en los puestos medios de la tabla quedó campeón en la temporada 1987-88, consiguiendo de esta forma el ascenso a Segunda División B era el entrenador en aquel entonces, Valentin Toste.
En su debut en la categoría quedó emparejado en el Grupo III junto con otros dos conjuntos canarios como la U.D. Telde y el C.D. Maspalomas e importantes entidades peninsulares como el C.D. Badajoz, el C.D. Leganés o el Córdoba C.F.. El CD Marino terminaría su primera campaña en Segunda B en el décimo puesto, posición final que repetiría la siguiente temporada. En ese segundo año el equipo sureño quedaría emplazado en el mismo grupo repitiendo enfrentamiento con los equipos antes citados y añadiendo grandes encuentros para la historia como los que disputó con el Albacete Balompié, el Granada C.F., el C.P. Mérida o los derbis contra la U.D. Salud. Con el conjunto santacrucero disputaría los dos primeros encuentros entre equipos de la isla en Segunda B. Estos se saldaron con dos victorias marinistas, primero por un tanto a cero en su feudo y luego por goleada en Santa Cruz de Tenerife por cero goles a tres. También fueron destacadas sus victorias ante Real Jaén y C.D. Pegaso por cuatro a cero, convirtiéndose en las mayores goleadas como local del conjunto marinista en la categoría.
La siguiente temporada el club de Los Cristianos sumo un nuevo derbi de bronce, el que disputó frente a Las Palmas Atlético.. El equipo sureño acabaría su tercera temporada en la división en la duodécima posición, peor resultado del conjunto hasta esa fecha. Al año siguiente repetiría clasificación sufriendo ese año dolorosas derrotas como el ocho a cero en el Estadio Municipal de Chapín ante el Xerez C.D. o el seis a uno frente al Recreativo de Huelva en el antiguo Estadio Colombino. La quinta campaña empezaría mal a causa de los problemas económicos y acabaría con un descenso doble, uno en el campo y otro en los despachos por las deudas.
Así las cosas, después de cinco campañas en esta categoría, descendió directamente a Preferente por problemas económicos tras la temporada 1992-93.6​ Una campaña más tarde descendería a la Primera Interinsular, pozo del que conseguiría salir cuatro años después.

El once inicial del Marino posa antes del encuentro que le enfrentó al Club Deportivo Corralejo en la tercera jornada de la temporada 2011-12. El partido finalizó con empate a dos goles.
Tras cuatro años en Primera Interinsular el Marino volvía a Preferente de Tenerife, máximo nivel regional. En el año de su redebut el equipo alcanzó una meritoria cuarta plaza. En la 2006-07 queda subcampeón de Preferente, logrando retornar a Tercera División al derrotar en la promoción de ascenso a la UD Balos del municipio de Santa Lucía de Tirajana.7​8​ Así tras nueve años en Preferente y diecinueve fuera de ella el club azul regresaba a la Tercera División.

En la temporada 2007-08, la de su vuelta al fútbol nacional, el equipo sufre para salvar la categoría quedando decimosexto, consumando su salvación al vencer por uno a dos en el Estadio Villa Isabel de su eterno rival, la Unión Deportiva Ibarra. En la temporada 2009-10, al acabar en cuarta posición, tuvo la posibilidad de alcanzar nuevamente la categoría de bronce del fútbol español pero no pudo superar la primera ronda de la fase de ascenso al quedar eliminado por el Club Deportivo La Muela del delantero serbio Goran Drulić.

Pero lo volvería a intentar tan solo dos años más tarde en la temporada 2011-12 donde consiguió un histórico doblete al alcanzar, por segunda vez en su historia, la Copa Heliodoro Rodríguez López y el campeonato de liga del grupo canario de Tercera División. Esto le permitió disputar por segunda vez en su historia el playoff de ascenso a Segunda División B. El sorteo lo emparejó con el CF Fuenlabrada, al que consiguió sorprender en el Estadio Fernando Torres ganando por un gol a dos pese a jugar con diez varios minutos. Una semana más tarde en el Antonio Domínguez volvió a vencer por dos goles a uno, ascendiendo así a Segunda División B.11​12​13​

La temporada 2012-13 empezaba para el conjunto sureño con el gran derbi insular ante el Club Deportivo Tenerife, al que ya había derrotado semanas antes en la final del Trofeo Teide. Sin embargo en esta ocasión no lograría superarlo al perder por cero goles a dos en la que fue la primera vez en su historia que el Club Deportivo Tenerife, máximo representante provincial, se enfrentaba en un partido oficial de liga contra un club de su mima isla.14​15​ Otro momento importante vivido en esta temporada por el equipo azul fue la visita a todo un histórico como el Real Oviedo en el Nuevo Carlos Tartiere empatando a cero goles.16​ La primera victoria de la temporada llegaría en la novena jornada al ganar a la RSD Alcalá por cuatro a cero volviendo a repetir su mejor resultado en la categoría.17​ Tan solo una semana después el conjunto sureño visitaba a otro ilustre como la UD Salamanca en el Estadio Helmántico cayendo derrotado por cinco tantos a cero. Ya en la segunda vuelta el conjunto sureño conseguiría otra victoria de prestigio al derrotar por dos goles a uno al Real Oviedo, esta vez en suelo isleño. Tan solo dos semanas después el equipo conseguiría la mejor racha de la temporada, que le haría soñar con la permanencia al empatar contra la UD San Sebastián de los Reyes, y ganar a la RSD Alcalá, por cero goles a uno en Madrid y a la UD Salamanca y el Real Avilés por dos a cero y dos a uno respectivamente.

El municipio de Arona siempre se ha caracterizado por ser muy futbolero, y por tener un gran número de equipos de fútbol. Así son muchos los derbis municipales que se han sucedido a lo largo de la historia. Los más importantes para el conjunto de Los Cristianos eran sin duda los que les media con la Unión Deportiva Ibarra del vecino barrio de Las Galletas. Pero también ha mantenido una gran rivalidad con los otros equipos del municipio como el Club Deportivo I'Gara, el Club Deportivo Buzanada, el Club Deportivo San Lorenzo o con el desaparecido Atlético Arona, actual Club Deportivo Furia Arona.

Durante estos últimos años solo el Marino ha permanecido en categoría nacional y la rivalidad se ha extendido a otros conjuntos del sur de la isla como el Atlético Granadilla, la Unión Deportiva Las Zocas, el Club Deportivo Charco del Pino o el Club Deportivo San Isidro.