La UE Olot es forma el 14 de maig de 1922 amb el nom d'Olot Futbol Club, just abans de la dictadura de Primo de Rivera. El primer camp que té el club és el Camp de l'Estació. Els primers anys, es juga a les categories provincials i, en general, els resultats no són del tot bons. El club inicia una bona relació amb el RCD Espanyol de Barcelona, que s'allargarà fins als anys seixanta.

La Guerra Civil Espanyola paralitza els campionats de futbol, i l'any 1939, després de la guerra, l'equip passa a anomenar-se Unión Deportiva Olot, en un intent d'incorporar seccions esportives a l'entitat, a part del futbol. El nou règim feixista de Franco obliga a l'entitat a canviar els colors de l'entitat (dels blaugrana al blanc) i incorporar la bandera espanyola al fons de l'escut. Durant aquesta època l'Olot comença a obtenir resultats i alguns ascensos importants. La temporada 1946-47 es celebra el 25è aniversari del club. La temporada 1956-57, per reestructuració de categories, l'equip pot jugar, per primera vegada, a Tercera Divisió Espanyola, i s'abandona el color blanc pel vermell a la samarreta i el blau al pantaló. Es fa una molt bona temporada i s'arriba a jugar la promoció d'ascens a Segona Divisió, contra el Club Esportiu Europa, però no s'aconsegueix pujar de categoria. La temporada 1958-59 es torna a jugar la promoció però, de nou, no s'aconsegueix l'ascens. Durant els anys noranta el club, ja catalanitzat amb el nom actual d'Unió Esportiva Olot, comença la seva decadència i passa de jugar a Tercera Divisió la temporada 1993-94, a tocar fons la temporada 2004-05, quan baixa a Primera Regional.

La temporada 2008-09 s'obté l'ascens de Primera Regional a Preferent Territorial, consolidant un equip que té l'objectiu de recuperar les categories perdudes i potenciar el futbol base de l'entitat. La temporada 2009-10 s'inicia, a les instal·lacions de l'entitat, l'escola de tecnificació del Futbol Club Barcelona destinada a les comarques de la Garrotxa i el Ripollès. Aquesta temporada, l'equip queda en segona posició de Preferent Territorial, i supera la promoció d'ascens a Primera Catalana després de superar la Unió Atlètica d'Horta per 2-0 a l'anada a Olot i empatar a 0 al barri d'Horta de Barcelona