El club fue fundado en el año 2004, siendo filial del histórico Úbeda CF, en 2006 el CD Úbeda Viva asume su debut en el fútbol aficionado en la categoría de Primera Provincial, siendo el primer equipo de la ciudad después de haber desaparecido de las competiciones el conjunto anfitrión de la ciudad de los cerros, el Úbeda Club de Fútbol y años antes también desaparecer el Úbeda Deportivo el cual era el segundo equipo de fútbol de la ciudad. Este club fue fundado por el ya desaparecido Antonio Cruz cogiendo las riendas del fútbol en la ciudad de los Cerros desde ese momento.
El objetivo del Úbeda Viva principalmente es que el fútbol en la ciudad Úbeda no desaparezca y suponga un proyecto de cantera basado en la formación de jugadores jóvenes con proyección para llevar al club lo más lejos posible, además este club polideportivo promueve el deporte entre los más jóvenes, una institución muy importante para la ciudad de Úbeda. Actualmente el club es presidido por Alfonso Jesús Moreno Padilla, actualmente también se desempeña como jugador del primer equipo, y tiene equipos de fútbol en todas las categorías con actuaciones importantes en sus competiciones. Además el Úbeda Viva tiene su sección de baloncesto y fútbol sala en todas sus categorías del mismo nombre que el club.

El CD Úbeda Viva asumió el relevo dejado por el anterior club de la ciudad como el primer equipo futbolístico de Úbeda en la temporada 2006/07, aunque disputaba categorías inferiores cuando se fundó en 2004 pero era como filial del Úbeda CF equipo que mayormente ha militado en la 3ª División hasta su desaparición en el verano del 2006, debutando en la primera provincial de Jaén grupo segundo, el CD Úbeda Viva debutó en la categoría regional el 1 de octubre de 2006, con una victoria por 2-6 frente al Mogón CF. Su primer partido en casa fue el 8 de octubre del mismo año ganando en casa al Santo Tomé CF, por 4 goles a 0. Al final de la temporada el CD Úbeda Viva acabaría en quinta posición.

En la temporada 2007/08, el CD Úbeda Viva militaría en la Regional Preferente de Jaén, quedando en cuarto lugar a solo cuatro puntos de la zona de ascenso. En 2008, la entidad deportiva firmó un contrato con el club Atlético de Madrid para convertirse en su tercer filial y compartir conocimientos técnicos y traspaso de posibles futbolistas a la cantera del Atlético de Madrid e incluso incluía también visitas de jugadores del club Úbeda Viva a presenciar partidos del Atlético de Madrid en su estadio, al término de la temporada 2008/09 el CD Úbeda Viva consigue su primer ascenso a la Primera División Andaluza grupo III después de haber conseguido quedar en segunda posición con 73 puntos, además finaliza subcampeón en la Copa Subdelegado del Gobierno perdiendo en la tanda de penaltis contra el CD Vilches en el estadio de Linarejos.

En la temporada 2009/10, el CD Úbeda Viva juega frente a la UD Melilla de la Segunda División B en el estadio Álvarez Claro, donde consigue un meritorio empate a 2 goles, más tarde jugaría un partido amistoso en la ciudad de Jaén en un triangular frente al Racing Jaén y el Oldham Athletic de la Football League One, de Inglaterra, donde el Úbeda se quedó campeón tras ganar al Racing Jaén en los penaltis y golear al conjunto inglés por 3-1. Su debut en la Andaluza fue frente al Atlético Marbellí, con un gol de su canterano Samu en el minuto 88 de partido. Finaliza la temporada en tercer lugar de Primera Andaluza grupo tercero, dándole derecho a jugar el playoff de ascenso a tercera división, en dichos playoffs es eliminado por el Guadix CF con resultado en el campo accitano, un desfavorable 3-1, en casa del Ubeda Viva se dio el resultado de 3-2 insuficiente para pasar de ronda, aunque por motivos federativos el Guadix CF no pudo ascender, ya que ningún equipo de Andalucía Oriental descendió de Tercera ese año.

En la temporada 2012–13 culmina en decimocuarto lugar de la tabla clasificatoria en la liga biprovincial de 1ªAndaluza consiguiendo permanecer en la categoría al terminar solo un puesto por encima del descenso.
El Úbeda Viva en la campaña 2013/14, renuncia a la categoría autonómica por gastos económicos inasumibles y decide como anteriormente procedieron otros equipos de la provincia jienense participar en la Segunda División Andaluza (antigua Regional Preferente) finalizando líder destacado del grupo jienense derrotando a equipos importantes como el CD Torreperogil, CD Vilches, Mengíbar CF y Baeza CF y asegurarse una plaza de ascenso a su retorno de 1ªAndaluza. Siendo el 13 de abril de 2014 el CD Úbeda Viva se proclamó campeón de su categoría.

En la campaña 2014/15 el CD Úbeda Viva rechaza su ascenso a 1ªAndaluza y prosigue en 2ªAndaluza al menos otra temporada más con una plantilla renovada sobre todo de juveniles del filial con mucha ambición y ganas de hacerlo lo mejor posible, por desgracia, la grave crisis económica actual se ceba con los clubes jiennenses que presentan graves dificultades económicas para competir en categorías superiores. Pese a todos estos contratiempos, el club consiguió la permanencia en la categoría, salvando un descenso a la última categoría del fútbol federado.

En la temporada 2015-2016 el primer equipo logró una magnifica segunda posición, retomando su buen hacer sobre el terreno de juego provocado por un plantel renovado y con futbolistas excelentes que llevaron el equipo a lo más alto posible. El equipo logra el ascenso hacia la 1ª Andaluza.
En la temporada 2016/17 el equipo consigue por segunda temporada consecutiva el subcampeonato con una mezcla muy bien aprovechada por el club que da sus frutos, jugadores experimentados de la comarca y seguir con los jugadores que vienen pisando fuerte con su juventud del primer equipo juvenil.

En el segundo tramo de la década el equipo no rinde deportivamente igual y se ve asumido en una crisis deportiva que le hacen estar en zona media y baja de la tabla clasificatoria incluso luchando por permanecer en la máxima categoría provincial como así ocurriese los cursos deportivos 2018/19 y 2019/20.