La historia de la Sociedad Deportiva Lenense comienza en 1953 cuando es fundado por un grupo de jóvenes aficionados al fútbol y cuyo máximo deseo era el de poseer un club de fútbol en Pola de Lena.

Poco a poco el equipo va consolidandose en las categorías regionales y consigue así en la temporada 1959/60 el tan ansiado ascenso a Tercera División, categoría en la que se mantendra durante tan solo dos temporadas.

Tras el descenso acontecido por el club en el 1962, este pasa a disputar nuevamente sus partidos en categoría regional y no sería hasta 1984 cuando conseguiría nuevamente el ascenso a Tercera División. En esta segunda época en Tercera, el club disfruta de los que hasta la actualidad podrían ser considerados sus años dorados ya que logró permanecer en la categoría durante seis temporadas consecutivas alcanzando en una de ellas (1987/88) un sexto puesto que es hasta hoy día su mejor cota.

Tras coquetear con la zona baja durante dos temporadas el club desciende en 1990 nuevamente a Regional Preferente aunque a diferencia de la vez anterior logra recuperar la categoría perdida en tan solo dos temporadas y consigue así permanecer otras tres temporadas más en Tercera División hasta que en la temporada 1994/95 el equipo termina en 19ª posición descendiendo por tanto de categoría.

Durante las siguientes siete temporadas el club milita sin pena ni gloria por las categorías regionales hasta que en la octava temporada (2002/03) consigue el ascenso nuevamente a Tercera pero tras una nefasta campaña el equipo desciende como 20º clasificado y da comienzo a un declive que continua hasta hoy día.

Tras el descenso sufrido en el año 2004 el Lenense militará durante dos temporadas en Regional Preferente y acto seguido sufrirá dos descensos consecutivos uno a Primera Regional en 2006 y otro a Segunda Regional en 2007.

En la temporada 2007/08 el equipo logra quedar clasificado en la tercera posición de su grupo pudiendo por tanto disputar la promoción de ascenso a Primera Regional, en esta promoción sería eliminado a la primera por el Vetusta (2-2 y 3-1).

En la temporada 2008/09 vuelve a quedar tercero en su grupo y por tanto vuelve a disputar la promoción por el ascenso enfrentandose en la primera eliminatoria al Llaranes CF al que lograría derrotar (1-0 y 1-1) y al UD San Claudio B en la segunda, cayendo derrotado debido a un gol en los últimos instantes del partido de vuelta disputado en "El Sotón" ante más de 1.000 espectadores (2-1 y 1-1). Durante el verano, la desaparición del Racing de Sama, que militaba en Regional Preferente obligó a una restructuración de las categorías que conllevó el ascenso de la Sociedad Deportiva Lenense, como el mejor de los elminados en la promoción, a Primera Regional.

2010/11 marcó un nuevo punto de inflexión en la estructura y en la gestión deportiva de la Sociedad Deportiva Lenense. La llegada a la presidencia de Miguel Marcos, único candidato presentado en tiempo y forma durante el proceso electoral, trajo consigo una reestructuración de funciones y una nueva directiva que se marcó como objetivo número 1 la recuperación de las categorías inferiores perdidas tras la crisis económica e institucional de 2005. Para ello se firmó un acuerdo de colaboración con el Club Deportivo Zurea de Fútbol Sala. Esta entidad auspiciaba dos equipos, prebenjamín y benjamín, de fútbol sala, además de un filial senior en Segunda División Autonómica, y el Lenense hizo lo propio con el juvenil, ya existente, y un alevín de fútbol 8 de nueva creación. A pesar de que no era algo prioritario para la nueva junta, la temporada se saldó con el ansiado ascenso del primer equipo, 6 años después, a la Regional Preferente y el del juvenil a Segunda Categoría como campeón de su grupo. La primera plantilla quedó segunda en la fase regular por detrás del TSK Roces, con el que se jugó el ascenso directo en la última jornada en un duelo en Pola de Lena que los gijoneses se llevarón por 1-3. En la promoción por el ascenso el Lenense se impuso en la primera eliminatoria al Atlético Siero (0-2 y 3-0) y al Lada Langreo en la final (2-3 y 1-0).