Fundado en 1.982 como "CLUB DEPORTIVO BALSICAS" en la localidad de Torre-Pacheco (Murcia).

En el año 1.995 vende su plaza en Territorial Preferente, cediendo sus derechos federativos y cambiando de escudo y nombre por el de "CARTAGONOVA FÚTBOL CLUB".

Fue fundado en 1995 por Florentino Manzano García y Carlos Conesa con el nombre de Cartagonova FC tras la compra de la plaza del Balsicas. La grave crisis económica que atravesaba por aquel entonces el equipo histórico de la ciudad hacían inviable su continuidad y ya se atisbaba su muerte administrativa. Ante esa tesitura se trataba de estar preparado para recoger su relevo y hacer lo menos traumática posible la transición para una afición a la que se trataría de volver a ilusionar. Cabe destacar que a efectos oficiales, administrativos y federativos los equipos FC Cartagena y el extinto Cartagena Fútbol Club son entidades completamente independientes que no comparten ningún tipo de registro histórico común, es decir, son equipos diferentes, por lo que el actual FC Cartagena arranca su historia oficialmente en 199523​ En el año 2009 logra el ascenso a la Segunda división. La relación de temporadas en Segunda División del FC Cartagena es la siguiente: Temporadas 2009-10, 2010-11 y 2011-12.