La afición por el balompié en la ciudad de Algeciras llegó a finales del siglo XIX desde la colonia británica de Gibraltar. Es contra los equipos de esta ciudad y los de las vecinas del Campo de Gibraltar contra quienes se llevan a cabo las primera competiciones locales. En sus primeros años los equipos de la ciudad jugaban en varios campos de arena de los alrededores de la ciudad; uno de estos campos provisionales se situaba en la zona de la ciudad denominada El Calvario, cerca del recinto ferial de la ciudad; será este campo el primero en el que jugará sus partidos el Algeciras Club de Fútbol.


El equipo se formó en 1912, por entonces con el nombre de F.C Algeciras Sporting Club y con una plantilla formada por Ricardo Torres, Márquez, Bourman, Casero, Aguilera, Beneroso, Arrabal, Illescas, Imossi, Julio Sáenz, Camuesco, Butrón, Coca, Marset, Rivas, Calderón, Beli, Maciste y Díaz. El equipo jugó su primer partido oficial el 8 de abril de ese año frente al Alexandra de Gibraltar, en un partido no oficial, que finalizó con empate a cero.1
Durante sus primeras tres décadas de existencia el equipo milita en categorías regionales andaluzas. Tras el parón ocasionado por la guerra civil, cuando dejan de disputarse partidos de fútbol, el equipo volverá en 1940 a competición regional para jugar en Tercera división a partir de 1943.
El 16 de septiembre de 1954 se inauguró el estadio de El Mirador con un partido entre la Selección andaluza de fútbol y el Athletic Club con resultado de 1 a 5 para los bilbaínos; de este modo el equipo dispuso de unas instalaciones más modernas y abandonó el antiguo estadio de El Calvario amenazado por el crecimiento de la ciudad. En la temporada 1956-57 el equipo se fusionó con el España de Tánger pasando a denominarse España de Algeciras, aunque en la temporada siguiente vuelve a llamarse Algeciras Club de Fútbol.



En la temporada 1963-64 el equipo asciende por primera vez a Segunda división española tras jugar en Valencia contra el Atlético Baleares. Ese mismo año debuta en el club el jugador Juan López Hita que cuatro años más tarde recalará en el Sevilla F.C. y llegará a disputar varios partidos con la Selección española de fútbol.Permanecerá en esta categoría durante cuatro años hasta que en la temporada 1966-67 desciende a Tercera y tres años después de nuevo a Regional.
La recuperación de categoría se realizará de forma gradual los años siguientes; así en la temporada 1974-75 se asciende a la Tercera división, en la 1976-77 a Segunda división B y en la 1977-78 se asciende de nuevo a Segunda división tras ganar en El Mirador la liguilla de ascenso frente al Girona Fútbol Club. Perderá esta categoría en la temporada 1979-80 para recuperarla en la 1983-84 tras haber jugado la liguilla de ascenso junto al Granada Club de Fútbol, Albacete Balompié y Calvo Sotelo Club de Fútbol. El equipo desciende la temporada siguiente y comienza una época de dificultades económicas y deportivas que culminan con el descenso sólo tres años después, en 1986, a Regional andaluza por impagos a la Federación española de fútbol.


Tras esto se suceden varios años en los que el club milta entre la Tercera división y la Segunda división B hasta la temporada 2002-2003 cuando el equipo asciende a la Segunda división española por cuarta vez en su historia al ganar su partido frente al Bilbao Athletic. Esa temporada 2002-2003, el Club se proclamó campeón del Grupo IV de Segunda "B", y tras disputar una liguilla de ascenso impecable, logró el ansiado ascenso a 2ªA. Unos años antes, en 1999, se había inaugurado el Estadio Nuevo Mirador con un partido entre el equipo local y el Real Betis ganando éste el encuetro por un gol a cero. Este nuevo estadio con capacidad para 7.500 espectadores había nacido con el objeto de ser el escenario de una nueva época para el Club, por desgracia el equipo comienza a pasar una serie de penurias de índole económica que acaban reflejándose en lo deportivo.
En la temporada 2004-2005 se desciende a Segunda división B, en la 2005-2006 a la Tercera y tras una temporada de impago al cuerpo técnico y plantilla, el equipo es descendido de nuevo a la Primera división regional andaluza por ser incapaz de hacer frente a las deudas contraídas con la plantilla en la temporada 2007-08. Durante la temporada 2008-2009 el equipo, dirigido por el algecireño Diego Pérez "Yiyi", ascendió de nuevo a la Tercera División. Ese equipo estaba plagado de gente de la comarca que remaron todos en un mismo sentido: Salvar 100 años de Historia. Tras la dimisión de la directiva, un grupo de socios se hizo al mando del club como gestores provisionales, y posteriormente, la candidatura formada por éstos últimos fue reelegida después de que otras retiraran la suya, teniendo como cabeza presidencial a Fco Javier Gudiel Guerrero. En el año 2012 se hizo oficial, que con motivo del centenario el Algeciras jugaría un partido contra el Sevilla F.C. , y una firma de autógrafos.


Tras conseguir el ascenso a Segunda B en 2013 y con motivo también del centenario, el Algeciras juega un partido amistoso contra el Málaga C.F., flamante cuartofinalista de la UEFA Champions League y mejor representante del fútbol andaluz en Europa en el último año.