La asamblea extraordinaria del 24 de mayo de 1983, aparte de suponer la disolución de un club histórico como el Burgos C.F., dejó un sabor muy amargo en José María Quintano Vadillo, uno de los tres socios que votaron en contra de llegar a tan amargo fin. Hábil como pocos, aprovechando la no renovación en el Registro de Marcas y Patentes del extinto Burgos C.F. tras haber transcurrido dos años, el 13 de agosto de 1985 quedaba constituido el nuevo Burgos Club de Fútbol, sociedad distinta de la anterior, pero quien decidió emplear sus mismos colores y escudo.

La sociedad neonata quedaba presidida por el propio Quintano Vadillo, siendo vicepresidente Alfredo Ortega Micieses, secretario Víctor Álvarez y tesorero Alfredo Ortega Martínez, fijándose un presupuesto de partida de ciento cincuenta mil pesetas. Posteriormente, el día 1 de octubre quedaba inscrito en el Registro de Clubs y Asociaciones Deportivas de Castilla y León con sede en Valladolid.

La apuesta de Quintano, quien estaba acompañado en esta aventura por ex-dirigentes del extinto Burgos C.F. y viejos compañeros del Burgos Promesas C.F., contrariamente a lo que se supone no fue competir de inmediato, sino esperar el momento propicio para hacerlo, instante que llegaría en 1994 cuando el Real Burgos C.F. pasaba por un trance económico delicadísimo y todo hacía prever que con el paso del tiempo terminaría su historia radicalmente.

1994 – 2000

Durante el verano de 1994 y después de casi nueve años inactivo deportivamente, Quintano mueve los hilos para poner en marcha su proyecto tras hacerse oficial que el Real Burgos C.F. no va a competir en la edición 94/95. Advertidos todos los implicados, el 23 de septiembre se celebra una Junta donde se decide competir, temiéndose no poder hacerlo al haber cambiado la Ley del Deporte en 1990. La directiva transmite su duda el 26 del mismo mes al Registro de Clubs y Asociaciones Deportivas de Castilla y León, recibiendo como respuesta que oficialmente no cumple con la normativa vigente. El 18 de octubre registra una solicitud para poderse adaptar, demanda que será dos años después aceptada, concretamente el 13 de septiembre de 1996.

En la temporada 1994/95 el club salió a competir en la antigua Regional Ordinaria y Félix Arnáiz Lucas sería su entrenador. Lucas consiguió dos ascensos consecutivos y logró subir al equipo hasta la Tercera División. Para la temporada 1996/97 en Tercera División, se confía el banquillo al entrenador Martínez Lobato quien se encargaría de llevar al equipo hasta la Segunda División B en junio de 1997 en la localidad asturiana de Villaviciosa. De este modo, el club consiguió tres ascensos consecutivos entre 1994 y 1997. Esta misma temporada se consigue además la Copa Real Federación Española de Fútbol al ganar en la final a doble partido a la Unión Deportiva Gáldar por un resultado global de 5-1.

La temporada 1997/98 en Segunda División B fue una dura temporada en la que se consiguió la salvación en las últimas jornadas gracias al regreso al banquillo de Félix Arnáiz Lucas que sustituyó a tiempo a un Blas Ziarreta enfrentado con la afición.

En la temporada 1998/99, con Vicente González Villamil en el banquillo, el equipo comienza dubitativo y de nuevo Félix Arnáiz Lucas se hace cargo del equipo desde la jornada 9. El equipo mejora ostensiblemente y acaba 4º, jugando finalmente la fase de ascenso a Segunda División, consistente en una liguilla con otros tres equipos más. UD Melilla, Elche CF y Universidad de Las Palmas son los rivales. Los ilicitanos son los que finalmente se llevan el premio del ascenso.

En la temporada 1999/2000, Félix Arnáiz Lucas dirige al equipo desde el comienzo de la temporada y el equipo acaba 3º con Roberto Peragón como estrella del equipo. En la liguilla de ascenso, CD Mensajero, Real Murcia y Granada CF son los rivales. Los pimentoneros son los que finalmente ascienden.

Es en la temporada 2000/01 y con Carlos Terrazas en el banquillo, el equipo consigue ascender a la Segunda División. Queda campeón del grupo II de la Segunda División B y en la liguilla de ascenso Sabadell, AD Ceuta y CD Ourense son los rivales. El ascenso llega gracias al recordado tanto de Dani Pendín contra el CD Orense en la jornada 5 de la liguilla, partido disputado en el Estadio Municipal de El Plantío.

Descenso administrativo y posterior descenso a Tercera División (2002-2008)

Durante la temporada 2001/02, el Burgos CF mantuvo la categoría en Segunda División bajo la batuta de Enrique Martín, pero la obligatoriedad de convertirse en Sociedad Anónima Deportiva y la resistencia del presidente Quintano a realizar la conversión, llevó al equipo a descender nuevamente a la Segunda División B, sumiendo a la ciudad en una nueva decepción. José María Quintano dimitió tras el escándalo y la presión social. El equipo beneficiado por esta decisión fue el Levante UD que, tras haber finalizado 19º en puestos de descenso, mantuvo la categoría.

Tras el descenso administrativo, el Burgos CF jugó la temporada 2002/03 en el grupo III sustituyendo al Levante UD y teniendo unos desplazamientos largos y costosos. Carlos Terrazas retorna al banquillo burgalés y se consigue hacer un equipo competitivo en pocos días. Valentín Germán es elegido presidente en las urnas y ese año el equipo acaba en 3ª posición. En la liguilla de ascenso Algeciras CF, Bilbao Athletic y Zamora CF son los rivales. Los andaluces son los que finalmente ascienden.

En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense. En esta temporada, el presidente Valentín Germán presentó la dimisión y convocó elecciones, siendo él mismo reelegido ante la falta de más candidatos.

La temporada 2005/06, comienza con un cambio de presidente en el club. Domingo Novoa Rey sustituye a Valentín Germán. Era la cabeza visible de un grupo de empresarios, entre los que se encontraban viejos conocidos como el que fuera preparador físico del Real Burgos Carlos Lorenzana o el también exfutbolista del Real Burgos e hijo del presidente Domingo Novoa. Se abre otra etapa en el club blanquinegro. Fabri toma el mando en el banquillo y consigue clasificar al equipo para el play off de ascenso. En la primera eliminatoria, el equipo es eliminado a manos del filial Levante "B".

En la temporada 2006/07, Gonzalo Arconada es el entrenador y se prepara un equipo con ilusiones de ascenso. Se consigue el fichaje del internacional Javi de Pedro por su amistad con el míster pero no se consigue adaptar a la categoría y abandona la disciplina del club antes de acabar la temporada. El equipo acaba subcampeón del grupo II y en el play off de ascenso elimina al Alcoyano en los penaltis en la primera eliminatoria pero no puede hacer lo mismo en la segunda y definitiva eliminatoria ante el filial Sevilla Atlético, quedando eliminado el cuadro burgalés con un gol en la prórroga (1-0 gol de Lolo) en un partido disputado en el estadio Sánchez Pizjuán.

La temporada 2007/08 estuvo marcada por la austeridad económica. La falta de dinero produce la realización de fichajes con el fin de salvar la categoría únicamente. Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión. Le sustituye al final de la temporada Raúl González que no evita el desastre y el club acaba descendiendo a la Tercera División en la última jornada tras un empate 1-1 en la Nueva Balastera ante el CF Palencia.