El Begíjar CF fue fundado oficialmente en el año 1975. Desde ese año ha participado en las diferentes categorías que la Federación Jiennense ha organizado. Desde la Regional, Preferente, Andaluza, Copa Gobernador, Copa Subdelegado y Copa Presidente Diputación. Anteriormente a estar federado se tiene constancia que el fútbol en Begijar empezó a principios del 1900 ya que en la localidad ha tenido siempre mucho fervor futbolero.
Se empezó a practicar el fútbol en las eras del pueblo, hasta que se empezó a construir el campo de fútbol, por unos aficionados, en el mismo lugar que esta actualmente.
Aunque han sido varios los colores de la equitación en tiempos anteriores, desde su fundación oficial la camiseta fue amarilla con las mangas negras y pantalones negros. Colores estos, el amarillo y negro que son la seña e identidad del club.
Los logros deportivos más importantes es la consecución de la III Copa Presidente Diputación el año 2016 y los 3 ascensos a la Preferente y a la Primera Andaluza.
Desde hace ya ocho temporadas la directiva se está dedicando ampliar el club con categorías inferiores y poniéndonos a la altura de un club más profesional siendo un dato muy significativo que es uno de los diez clubes más antiguos actualmente de la provincia de Jaén.
El antes y el después del actual Begíjar tiene su origen en la colocación del césped artificial. José López y un grupo de aficionados decidieron dar un paso al frente para aprovechar la coqueta instalación. La pelota volvía a rodar después de una década de ostracismo. El Begíjar había resucitado sin más pretensión que competir con honradez y modestamente en las categorías provinciales. Los resultados, sin embargo, comenzaron a sorprender: quintos la primera temporada en Tercera Andaluza; segundos al curso siguiente y ascenso de la mano de Salvador Lara. Luego llegó otro salto de categoría, el título de la Copa Diputación, las semifinales de la Copa Subdelegado y la guinda: la División de Honor, con Félix Vilches en el banquillo. Todo comprimido en horas y horas de trabajo para cimentar un proyecto que, hoy en día, está más que consolidado.
En el inicio de la temporada 2020/21 el presidente José López dimite por motivos personales y desgaste del cargo componiéndose una junta gestora encabezada por Damián Martínez que asume las riendas del club y pese a su esfuerzo no pueden mantener la categoría y regresan al fútbol provincial.
En la temporada de su cincuentenario como entidad el club consigue hacerse con el tercer entorchado de la Copa Presidente de la Diputación al vencer en la final al CD Úbeda Viva por un contundente 3-0 quedando además campeón de la 1ª Andaluza Jienense tras rozar el ascenso en las dos anteriores cursos deportivos donde fue finalista y subcampeón de la competición respectivamente.