Se fundó en el año 2007 como Baeza Fútbol Sala de la mano de José Cabrera (Pepe Cañero), un hombre apasionado del fútbol sala local y reconocido por sus equipos en competición local y aficionada que decidió dar un paso más y saltar a la competición federada demandando un deporte que nunca había estado representado en la ciudad en la historia reciente.

La primera temporada fue de adaptación y se pagaron muchas novatadas en los partidos disputados en la categoría mientras que en la temporada 2008/09 se siguió apostando por una plantilla llena de jugadores de Baeza y se mejoraron los resultados del primer año de competición.
Para la temporada 2009/10 última como José Cabrera en el banquillo se volvieron a repetir los resultados y se repitió el listón mostrado por el equipo, cerrando una primera etapa del club que sirvió para estabilizarse en la categoría, con pocos aficionados en las gradas y jugando mejores partidos como locales que de visitante jugando en uno de los dos grupos en los cuales estaba dividido la competición por cercanía geográfica y los rivales fueron (CD Piloto, Siles, Cerámica del Reino que representaba a Bailén, Bedmar FS, AD Santa Isabel y Águilas Jaén, quedando campeón CP Bailén quedando los nuestros cuartos de grupo con un balance de 21 puntos.

Para la temporada 2010/11 cogía las riendas el técnico capitalino Javi Mesa, el cual dio cambios a la plantilla con varios jugadores foráneos pero nuevamente se volvió a quedar en mitad de la tabla en un grupo corto con siete componentes y en dónde los rivales fueron Andújar FS, Porcuna FS, CD Bedmar, CD Piloto, Águilas Jaén y Patín Bar.
En la temporada 2011/12 un nuevo técnico foráneo llegaba al banquillo del club como era el iliturgitano Rueda que expuso su experiencia en el fútbol sala provincial consiguiendo hasta la fecha la mejor clasificación del equipo terminando en séptima plaza con 41 puntos, en dónde campeón y subcampeón del grupo provincial de 16 equipos recayó sobre el Jaén Clima (ahora Jaén FS y el AD Santa Isabel (ahora desaparecido tras pasar por segunda B), mientras que Belmez Atlético y Porcuna se retiraron antes de la conclusión del campeonato.

En la temporada 2012/13 sabía local para el banquillo un inexperto Miguel Ángel Vivancos se haría cargo de las riendas del equipo pero ante de llegar al ecuador de la competición dejó su cargo al que le ayudaba en las tareas del equipo como era Francisco José Martínez, en una competición en dónde de nuevo se unifica el campeonato con 16 conjuntos, retirándose antes de la finalización de la competición el CD Villanueva y firmando el Baeza FS una pobre undécima plaza con 32 puntos sumados, ascendiendo el Atletico Mengíbar como campeón y quedando como subcampeón el Águilas Jaén, Noalejo, CD Hispania, CP Bailen, Andújar FS, Patín Bar, Belmez Atlético, Veteranos de Bobadilla, Espeluy, Cabra Joven, Atlético Linares y Amigos FS de Andújar completaron la representación de clubes.

Llegaba la temporada 2013/14 con Francisco José Martínez desde el inicio en el banquillo el conjunto baezano con un importante patrocinio de Dental Company y otro concepto en los entrenos y cambio de juego con el toque personal que caracteriza al entrenador baezano. Se compite en el grupo primero, ya que nuevamente se dividió la competición para darle más aliciente a los equipos, por primera vez se disputa una fase de ascenso ya que en la liga regular se terminó en un tercer lugar con 24 puntos sumados por detrás de Bailen FS y Espeluy FS y que junto con Andújar FS completaron la representación para jugar con los otros cuatros equipos del otro grupo provincial los play offs de ascenso sin suerte de promocionar quien si lo hizo fue el Cabra Joven que quedo campeón ante los equipos de Patin Bar, Bobadilla Veteranos y CD Hispania de Torredelcampo.

La temporada 2014/15 se renombraba la competición como Segunda Andaluza grupo Jienense y el Baeza FS Dental Company se volvió a repetir el hito deportivo de jugar el play-offs de ascenso que daba el punto y final a la temporada y el ansiado premio de conseguir el ascenso, el Baeza FS consigue en la liga regular el cuarto puesto con 36 puntos por detrás del campeón del grupo Bailen FS, Amigos FS como subcampeón y cerraba el pódium Atlético Vilches, mientras que en la fase final junto con el equipo jienense del CD Tito Candi, CD Patín Bar de Torredonjimeno, Bodadilla Veterano y Noalejo FS no se obtuvo el premio de quedar campeón de grupo y por tanto ascender.

En la temporada 2015/16 se amplío y renovó a los antiguos miembros del staff técnico, el club tendría como patrocinador principal a Bohorquez y en lo deportivo al tercer intento de conseguir el premio del ascenso llegaría de una forma algo peculiar.
Competiendo tras la restructuración de las categorías y viendo los coeficientes de los resultados las últimas temporadas de los equipos inscritos, la FJF otorgó que participara en la Segunda Andaluza junto a otros nueves equipos como Bailen FS, CD Tito Candi, EM Jódar, CD Belmez Atlético, AD Martina Frailes, CD Noalejo, CD Veteranos Alcaudete y CD Bobadilla Veteranos quedando subcampeón tras estar buena parte del campeonato como líder pero en el último tramo de la competición el Patín Bar sería el que se alzase con el título, el Baeza FS vería como llegaría el mes de junio y tras la renuncia del Patin Bar de ejercer el derecho del ascenso de categoría y tras la renuncia en la tercera División del Cabra Joven el Baeza FS ocupa una de las vacantes que había en el grupo décimo octavo de la tercera división, ascendiendo por primera vez en su historia a dicha categoría.

En la temporada 2016/17 se continua en el plantel con el grueso de los jugadores que por méritos deportivos se ganaron el estar en la categoría autonómica reforzando al equipo con jugadores con experiencia en la categoría además de seguir al completo el cuerpo técnico.
Tras una temporada en dónde se llevaron todos los elogios con el cartel de “equipo revelación” donde el equipo brillo sobresalientemente y se adaptó en su primera temporada a la categoría de forma excepcional, ubicándose desde el inicio en los puestos de privilegio de la tabla clasificatoria perdiendo la imbatibilidad ante el líder y campeón de principio a fin de la categoría el Villa de Fines almeriense en la segunda vuelta de la competición.
También participo en la tercera edición de la Copa Presidente de la Diputación dónde en la ronda de cuartos de final tuvo que batir en su cancha a El Monte FS para disputar las semifinales en el mítico pabellón La Salobreja y batir por 2-4 al filial del Jaén FS y colarse por primera vez en la final de este torneo dónde el Pabellón Municipal San Andrés sería sede de la final y en dónde tendría que enfrentarse al verdugo que le apeo la pasada campaña de la final como es el CD Atco Mengibar equipo que milita en la Segunda División.