El club comenzó compitiendo a nivel regional, en la por entonces denominada Liga Autonómica Norte (actualmente Preferente Norte). En ese entonces por motivos de patrocinio con la denominación comercial de Pub Cotton/Aluminios Severo. Para la temporada 2005-06 obtiene una plaza en 1ª Nacional "B", en esa categoría participó 3 temporadas. Consagrándose campeón en la 2007-08. El club compitió 9 temporadas seguidas en Segunda División B, siendo campeón en tres temporadas.

En la temporada 2016-17, el equipo se proclamó campeón del grupo 1 de la Segunda División B. Cayó eliminado en la promoción de ascenso contra el Cerro Reyes.1​ No obstante, dos equipos perdieron su plaza en la Segunda División por no cumplir los requisitos de la categoría: el CFS Jumilla y el propio Cerro Reyes.1​ Finalmente, el Noia ocupó una de esas plazas.2​

En su primera temporada en la segunda categoría del fútbol sala español, la 2017-18, no pudo pasar del 14º puesto, viéndose relegado de nuevo a la Segunda División B. Sin embargo, los problemas económicos del Puertollano les obligaron a abandonar la categoría, y fue el club noiés el que ocupó la plaza vacante en la categoría.

En la 2018-19, el Noia Portus Apostoli salvó la categoría con un espectacular final de campaña, obteniendo 16 de los últimos 18 puntos posibles, alcanzando la 10.ª posición con 35 puntos, 6 por encima del descenso.

En la 2019-2020 el Noia ocupó puestos de acceso al Play-Off de ascenso durante gran parte de la primera vuelta, pero una mala racha a comienzos de la segunda le hizo bajar hasta el puesto octavo en la jornada 23, que inesperadamente sería la última debido a la suspensión de la liga, causada por la pandemia de coronavirus. La liga no llegó a reanudarse y el Noia acabó finalmente 8º con 31 puntos y sin perder ningún partido en casa.

Para la temporada 2020-21, la categoría se dividió en dos grupos. El Noia lideró el Grupo B de principio a fin y con una gran ventaja, lo que le dio acceso al grupo C, donde también fue líder durante todas las jornadas, consiguiendo así el pase a su primer Play-Off de ascenso a Primera División. Pese a su gran temporada, en semifinales del Play-Off caía por 8-1 y 1-2 frente a El Ejido, despidiéndose así de sus opciones de ascenso. En esa misma temporada alcanzó también su primera final de Copa Galicia, cayendo derrotado ante el Pescados Rubén Burela por 5-2.

En la temporada 2021-22 jugó por quinta temporada consecutiva en la Segunda División, consiguiendo el título de liga y el consiguiente ascenso el 26 de marzo de 2022, con 5 jornadas de antelación, venciendo por 3-1 al CD Leganés FS en el Pabellón Agustín Mourís. Finalizó la liga con 82 puntos, 18 más que el segundo clasificado, Servigroup Peñíscola Globeenergy. Además, se alzó con su primer título de Copa Galicia tras ganar la final en Marín a O Parrulo Ferrol en la tanda de penaltis.