Se fundó el 14 de julio de 1998 en Manacor como Associació Esportiva Manacor bajo la presidencia de Miquel Jaume Roig. El club debutó en Primera Nacional "B" en 1998/99, y en su debut consiguió tanto el ascenso como la Copa de España de la categoría. Un año después, el club manacorí terminó campeón de su grupo en Primera "A", por lo que tardó sólo dos temporadas en alcanzar la División de Plata.

Aunque en su año de debut Manacor se clasificó en tercera posición de su grupo, la aclimatación a División de Plata fue muy complicada y durante varios años el club lindó con los puestos de descenso. A partir de la temporada 2005/06 se corrigió la situación, con la contratación del ex futbolista internacional José Lucas Mena "Pato" como técnico. El club aumentó su presupuesto, y contrató a jóvenes promesas y gente experimentada en Plata. La profesionalización de la plantilla mejoró los resultados, y AE Manacor se convirtió en aspirante al ascenso.

En la campaña 2006/07, Manacor finalizó en segunda posición y jugó el playoff por el ascenso, donde cayó ante Leis Pontevedra. Una temporada después, el club manacorí terminó líder en la fase regular y consiguió subir a División de Honor por primera vez en su historia. En la nueva categoría permaneció solo un año, porque en 2008/09 el club finalizó colista.

Pese a todo, el conjunto manacorí permaneció sólo una temporada en Plata, ya que acabó la fase regular como líder de su grupo. Aunque no pudo proclamarse campeón de la categoría porque perdió frente al Grupo de Empresas Talavera, el club derrotó en las siguientes fases al UPV Maristas y Puertollano Restaurante Dacho. Actualmente el club juega en el Palma Arena de Palma de Mallorca. En la temporada 2011/2012 finaliza 10ª a 6 puntos del 8ª y poder disputar por segundo año consecutivo los play-off por el título.

En julio de 2014 se oficializó el traslado del equipo de Manacor a Palma de Mallorca, capital de la isla. Las categorías inferiores de la entidad permanecen en Manacor.