A pesar de los cambios de nombre que se han producido a lo largo de la historia y la refundación en los años ochenta, esta entidad data del 1946. El Getafe se confirma como uno de los clubes más emblemáticos del fútbol en Madrid, y de España, donde figura entre los 25 primeros clasificados en la clasificación histórica de la Liga. Pese a que el origen del Getafe que todos conocemos ahora tiene su comienzo en la década de los 80; el inicio del fútbol en la localidad se remonta a 1923. Por entonces se crea un equipo que dio muchas alegrías a los aficionados y que cesó su actividad debido a los numerosos costes que entrañó entonces su actividad. La Guerra civil y la posguerra frenaron las ansias por volver a establecer un club en la ciudad.
En el mes de diciembre de 1945, cinco aficionados naturales de Getafe deciden que su localidad debe tener un equipo acorde a su rango. Así que D. Enrique Condes García, Aurelio Miranda Olavarría, Antonio Corredor Lozano, Manuel Serrano Vergara y Miguel Cubero Francés se reúnen en el bar "La Marquesina", desaparecido ya, donde comienzan a formar los cimientos de lo que era su proyecto. Con la ayuda y estrecha colaboración del alcalde D. Juan Vergara y personajes de la época, como D. Manuel García Anas, D. Lorenzo Azofra Cervera, D. Gregorio Deleyto, D. Francisco Cabello Pinto, surge a todos los efectos legales la sociedad deportiva; la fecha data del 24 de febrero de 1946.
El Club Getafe Deportivo contó con el aval de 700 socios, una cifra respetable dada la escasa población con la que entonces contaba la localidad. Se creaba así la entidad, con un presidente de renombre en aquel entonces, D. Jesús Sacristán, que vivió un posible ascenso a la 2ª División, aunque no se lograra al final, ya que el Almería lo impidió.

El Getafe empezó a jugar los primeros encuentros en el Campo del Regimiento de Artillería. Por entonces el club no contaba con un recinto deportivo. La curiosidad de dicho terreno de juego era que no contaba con porterías, así que para cada partido había que transportarlas del Campo de los Sindicatos. El segundo campo fue ya municipal. En la zona de San Isidro, lo que hoy se conoce como Polideportivo Municipal de San Isidro. Allí se vivieron días de gloria, lográndose el ascenso a Tercera División frente al Villarrobledo, en la temporada 56/57. Incluso se llegó a jugar allí una promoción de ascenso a Segunda División ante el C.D. Almería.
l Getafe afrontó la temporada 1947/48 en la Segunda Regional Ordinaria consiguiendo a final de año el primer ascenso de su trayectoria al proclamarse campeón de su grupo con 36 puntos. En la final se impuso al primer clasificado del otro grupo, el Leganés, por lo que se concluyó como campeón absoluto de la categoría. En 1955 el Getafe se muda al campo de San Isidro, que fue inaugurado el domingo 2 de octubre en un encuentro entre una selección de futbolistas de la localidad y un combinado formado por jugadores de Real Madrid y Atlético.
Las Margaritas, un estadio que los aficionados más veteranos recuerdan con una mezcla de nostalgia y cariño. El feudo azulón acogió durante más de 25 años los partidos del club. Un terreno de juego en el que las gradas se situaban muy cerca del césped, creando una atmósfera única. Ubicado en un espacio anexo a la residencia de estudiantes de la Universidad Carlos III “Fernando de los Ríos”, aquí vivió el Getafe algunos de los episodios más notables de su historia. La inauguración de Las Margaritas se produjo el 2 de septiembre del 1970 con el equipo en la Tercera División. Fue ante el Michelín, venciendo 3-1, con el gol inaugural de Gregorio Serrano, y con el arbitraje de D. Fernando Santos de la Parra, quién posteriormente ha desempeñado durante años la labor de gerente del Getafe C.F. Ese año el equipo mantuvo la categoría, aunque se jugase todo al final, frente al Huesca, al que superó 2-0.
En la temporada 1975/76 se consiguió el ansiado ascenso a Segunda División. El Getafe se mantuvo durante seis temporadas consecutivas en la categoría de plata del fútbol español. Entre medias, la eliminatoria de Copa del Rey ante el Barcelona, que entonces contaba con Johan Cruyff como estrella indiscutible. El futbolista holandés jugó en Las Margaritas el encuentro que se saldó con 3-3. El desempate se jugó en el Camp Nou, clasificándose el conjunto azulgrana para la siguiente ronda. En la campaña 79/80 el Getafe prolongaría su idilio con la competición copera enfrentándose al Atlético de Madrid en el estadio Vicente Calderón.
En agosto de 1983 es cuando nace el Getafe Club de Fútbol que conocemos actualmente fruto de la fusión del Club Deportivo Peña Getafe y el filial del Club Getafe Deportivo. Una refundación que fue el inicio de un ascenso imparable hasta llegar a la máxima categoría en 2004. Una de las personas fundamentales fue Antonio de Miguel, que como presidente supo guiar al club en su paso por las divisiones regionales. Con Gregorio Serrano como entrenador la entidad vivió ascensos de manera consecutiva hasta llegar a Segunda División B. La Federación Castellana devuelve los trofeos logrados por el club tras haberlos recogido por los problemas económicos sufridos. El Getafe olvida así las penurias de los últimos años y mira al futuro con optimismo.

ras un largo peregrinar por categorías inferiores es en la temporada 1993/94 en la que el Getafe logra el ansiado retorno a Segunda División. Doce años de grandes victorias y también algunos sinsabores para lograr regresar al punto de partida. Tras una campaña exitosa la entidad afronta la promoción de ascenso a Segunda División. El sorteo depara un grupo complicado con el Recreativo de Huelva, el Deportivo Alavés y el Figueras. En la última jornada el Getafe se enfrenta en Las Margaritas al conjunto catalán, que también llega con opciones de ascenso. La afición azulona se moviliza para empujar al equipo en el trascendental encuentro. Al Getafe le vale el empate para subir de categoría. Tras unos últimos minutos de infarto el árbitro decreta el final del partido con 0-0. La invasión de campo da paso a las celebraciones y al baño en La Cibelina: el Getafe está de vuelta en el fútbol profesional
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Sin embargo, el año del regreso a Segunda División iba a estar repleto de complicaciones para el club. Una temporada irregular finaliza con el descenso a la división de bronce. No obstante, la suerte sonríe al Getafe, que sale beneficiado de una reestructuración en Primera con el Celta de Vigo y el Sevilla como equipos implicados. La máxima categoría contará con 22 conjuntos, lo que supone la repesca de Leganés y Getafe para Segunda. En la campaña 1995/96 se repite la historia y el equipo desciende a Segunda B. La siguiente temporada supone el adiós al estadio de Las Margaritas, en que tantas alegrías vivió la afición. En octubre la entidad se muda al Juan de la Cierva. Un año muy movido se salda con una 16ª plaza y una promoción de permanencia en la categoría. La victoria por 4-0 ante el Huesca, gracias a los goles de Pepe Mel, salvan al Getafe del descenso a Tercera. En la 97/98 de nuevo se vive lejos de los puestos de ascenso.

Finalmente se llega a la temporada 98/99, en la que el Getafe se estrena en el Coliseum Alfonso Pérez. Un nuevo y moderno recinto de 14.000 butacas que es testigo de la vuelta a Segunda tras un empate ante el Real Murcia en el Play off. Tras dos años en la zona baja de la tabla el club azulón desciende de nuevo a la categoría de bronce. Un regreso exprés al primer intento, y volviendo a imponerse a sus rivales en la promoción supone el punto de partida de lo que serían los mejores años de la historia de la entidad. En la 01/02 se produce la llegada a la presidencia de Ángel Torres, figura clave en el devenir del equipo, y que vive el éxito del ascenso a Segunda meses después de hacerse cargo del Getafe.
Para la temporada 2002/03 el Getafe se refuerza con un clásico de la Liga española como Gica Craioveanu. El internacional rumano lidera un proyecto por la permanencia, que finaliza en 11ª posición. Para la 2003/04 se incorpora Josu Uribe como entrenador. Junto al técnico llegan David Belenguer, Mario Cotelo, Cubillo, Sergio Aragoneses e Iván Amaya entre otros. La primera vuelta termina con los azulones en la parte alta de la tabla y en una posición de privilegio para luchar por las tres plazas de ascenso a Primera. En el mercado de invierno se produce el fichaje de Sergio Pachón. El delantero madrileño, cedido por el Real Valladolid, no imaginaba entonces que se iba a convertir en una de las figuras esenciales en la historia del club.
Al último tramo de competición el equipo llega pugnando con Levante, Numancia, Alavés y Sporting de Gijón por los tres primeros puestos. Un sprint de récord con victorias de infarto y una racha de 12 encuentros sin perder dan paso a la última jornada. El Getafe es segundo y depende de sí mismo para subir. Si se logra vencer en Tenerife, el club ascenderá por vez primera a La Liga. La ciudad se paraliza el 19 de junio de 2004 para seguir el encuentro que se disputa en el Heliodoro Rodríguez López. Los de Josu Uribe mostraron su mejor fútbol, imponiéndose 3-5 con Pachón como protagonista destacado por sus cinco goles que certifican el ansiado ascenso; el Getafe es de Primera División.
De cara al debut en la máxima categoría se confía el banquillo a Quique Sánchez Flores, que venía de entrenar al Juvenil del Real Madrid. El estreno en Primera se salda con un 13º puesto, alcanzando sin dificultades el objetivo de la permanencia. El Coliseum se convierte en un fortín en el que caen derrotados el Valencia, campeón de Liga vigente, y el Real Madrid.