En el verano del 2003 nace este nuevo proyecto deportivo en la ciudad de Vélez Málaga donde el popular barrio de los Remedios de la localidad decide salir a competir en categoría federada provincial suministrado del equipo canterano de la ciudad como es la escual de fútbol Castejón y siendo una alternativa al club centenerario como es el CD Vélez.
Pronto llegaría al fútbol autonomico siendo uno de los clásicos en la categoría de Primera Andaluza biprovincinal, disputando sus encuentros en el estadio Fernando Hierro, haciendose un cambio federativo en 2013, actualmente juega en la División de Honor teniendo posteriormente un cambio de sede a Nerja ya que en 2017 paso asociarse con el Almuñecar City FC aprovechando la cercanía de ambas ciudades.
En 2019, el club inauguró una sucursal en Nueva York llamada FC Málaga City New York. El acuerdo finalizó en 2021, y el club pasó a llamarse Pathfinder FC.
En 2020, la Ciudad de Málaga constituyó una plantilla absoluta en Primera Andaluza , en sustitución del disuelto CD Barrio Nuestra Señora de los Remedios. Lograron dos ascensos consecutivos en sus primeros dos años, llegando a Tercera Federación. En septiembre de 2022, el club estableció una asociación con el Tottenham Hotspur consiguiendo el objetivo de permanencer en la categoría durante tres temporadas consecutivas.
En la temporada 2024/25 el club firma un acuerdo de fililidad con el Juventud de Torremolinos CF, este vínculo tiene como objetivo principal el desarrollo de jóvenes jugadores desde la generación sub-19 hasta primer equipo, pero en feberero de 2025 se rompe por una serie de incumplimiento entre ellos los impagos y el equipo no consigue permanecer en la categoria descendiendo a División de Honor y e el verano del 2025 federativamente modifica su nombre denominandose CD Málaga Juniors, optando por un cuerpo técnico y jugadores de la capital malagueña para afrontar el reto de competir dignamente en la categoría autonomica.

La academia de fútbol “Pro Direct Academy Soccer” inició su participación en categoría federada la temporada 2013/14 teniendo su sede en Estepona, como academia formativa para jóvenes promesas, y posteriormente hicieron un cambio de residencia a Nerja. Conforme transcurrieron las temporadas el club fue tomando participación en distintas categorías del fútbol base provincial malagueño en pro de mejorar sus prestaciones, siendo durante el verano del 2020 cuando adquirió la plaza cedida por el CD Barrio de los Remedios de Vélez-Málaga en la 1ª Andaluza y participó en su lugar consiguiendo de forma brillante esa misma temporada (2020/21) el ascenso a la categoría de División de Honor con un equipo senior plagado de estrellas de todas las partes del mundo, ya que este club sirve como propulsor para que estos jugadores de fútbol progresen en su trayectoria deportiva y alcancen cotas superiores.