La Asociación deportiva ATLÉTICO JAÉN FC, se constituyó como tal en septiembre del año 1992.
Un grupo de padres de jugadores alevines del Real Jaén, decidieron crear un club para que sus hijos siguieran jugando al fútbol de la mano de su entrenador, el conocido “Manolo Haro”, ex jugador de equipos como el Sevilla FC, RCD Mallorca o Real Jaén entre los años 60 y 70.
Desde entonces y tras años y años de historia, el club moraito ha crecido formando personas a través del futbol y del futbol-sala. Por este club han pasado entrenadores referentes provinciales como Antonio Calet, Agustín Paulano “Tino”, Pepe Domingo, Ismael Almazán, Badillo, Ana Belén Jurado, José López, David Oya o los desaparecidos Jesús De La Torre y Fernando Caballero… entre otros. En el fútbol sala, entrenadores del calibre de Dani Rodríguez o Quique Gracia han sido partícipes del crecimiento de este club. Con más de 25 años de historia, el club ha venido cumpliendo, además de los objetivos estrictamente deportivos, una función social y educativa, fomentando, a través de la práctica deportiva, valores como la amistad, solidaridad, disciplina, orden, esfuerzo o generosidad y ello a pesar del enorme crecimiento que ha venido experimentando a lo largo de estos años y de su consolidación como una de las asociaciones deportivas más arraigadas en la sociedad de Jaén.
El Atlético Jaén apuesta por la formación progresiva e integral de sus jóvenes jugadores, tanto a nivel deportivo como humano.
Valores humanos como la humildad, la perseverancia, la cortesía, la honestidad, la deportividad y el espíritu de sacrificio, junto con otros valores de carácter social como son la amistad, la cooperación, la solidaridad, el respeto o las relaciones sociales, son la base de nuestra formación.

Actualmente, cuenta con unos 400 jugadores federados, repartidos en catorce equipos que compiten en categorías provinciales, dos en la máxima competición autonómica y uno en competición nacional.
También cuenta con la Escuela «Manolo Haro», donde una treintena de niños, los más pequeños de esta «familia moraíta», se inician en el fútbol.
Temporada a temporada seguimos creciendo con los métodos de entrenamientos más innovadores con la idea de seguir siendo una referencia provincial y autonómica en el fútbol de cantera.

En Julio del 2024 hacen un convenio de colaboración con el Jaén Paraíso Interior FS dentro de su programa de uniones con otros clubes de diferentes deportes de la capital siendo este el único curso bajo este amparo.