Nace otro club en Almería (1989-2000)

El club nace en 1989 con el nombre de Almería Club de Fútbol, tras la desaparición de la AD Almería en 1982. Antes, se había fundado el Club Polideportivo Almería –en 1983–, por lo que se juntaron 2 equipos representativos de la capital. Cambia a su actual denominación en 2001 (tras la retirada del Polideportivo Almería) para conseguir la unidad del fútbol almeriense y tener un equipo competitivo.

Los primeros orígenes, sin embargo, de un club de fútbol de la capital se remontan hasta 1909, con el nombre de Almería Foot-Ball Club. Desde entonces, han habido numerosos equipos de fútbol en la capital almeriense, como el Athletic Club Almería, el Recreativo de Almería, el Atlético Almería, el Club Deportivo Almería... y más recientes como la Agrupación Deportiva Almería (2 temporadas en Primera), y el Club Polideportivo Almería.

Participó durante tres temporadas en la Regional Preferente de Almería hasta que logró subir a la Tercera División de España en 1992. Permanece una temporada en esta categoría y en 1993 se consigue el ascenso a la Segunda División B de España. Tras consolidarse en una primera campaña muy sufrida, en la siguiente se logra uno de los principales objetivos del club que no era otro que el ascenso a la Segunda División de España en 1995. Se convirtió entonces en la entidad más joven en participar en la Liga de Fútbol Profesional. Tras dos temporadas cargadas de ilusiones, una mala planificación lleva al club al descenso a la Segunda División B de España en 1997.

A pesar de tener una de las mejores plantillas de la categoría, el club no logra el objetivo de luchar por el ascenso y en la segunda temporada en la categoría, de nuevo la mala planificación lleva al club al descenso a la Tercera División de España en 1999. Este momento supone un punto de inflexión y, con un equipo plagado de jugadores almerienses, se consigue retornar a la Segunda División B de España en el año 2000.

La Unión del fútbol almeriense (2001-2006)
La temporada del regreso a dicha categoría se salda finalmente con la permanencia no sin dificultades, y con el cambio de denominación de la entidad, que supone el inicio de un nuevo proyecto deportivo más ambicioso con el apoyo de toda la ciudad. Así, la siguiente trajo consigo la sorpresa de un nuevo ascenso a la Segunda División de España en 2002.

La primera temporada de esta nueva etapa en la categoría se consigue salvar con la permanencia pasando apuros hasta el final. La siguiente, por el contrario, ofreció dos caras bien distintas: de equipo revelación a candidato al descenso de categoría, pero el equipo siguió luchando hasta conseguir la permanencia de nuevo con ciertos problemas. La tercera temporada consecutiva en la Segunda División de España supone la consolidación en la categoría, aunque no de manera muy holgada, pero que posibilita que la campaña siguiente se produzca un salto de nivel y el equipo ocupe los puestos altos de la clasificación con posibilidades de ascenso hasta casi el final de la liga.

Finalmente, tras una quinta temporada consecutiva en la Segunda División de España se alcanza de la mano de Unai Emery, de manera espectacular, el sueño del ascenso a la Primera División de España el 19 de mayo de 2007, de forma matemática a falta de cuatro jornadas para el final de la competición, al vencer por 3-1 a la SD Ponferradina.8 El equipo que logró este triunfo estuvo formado por los siguientes jugadores: Westerveld; Bruno, Carlos García, Acasiete, Cisma; Soriano, Cabrera; Ortiz, Mané; Kalu Uche y Míchel, más Corona, Bermejo y De Palmas que entraron en la segunda parte.

El Almería en Primera División y las semifinales de Copa (2007-2011)

Partido de la Primera División de España 2007/08 en el Estadio de los Juegos Mediterráneos entre la U.D. Almería y el Club Atlético Osasuna.
En su primera temporada en Primera División, la 2007/08, logró cuajar una excelente campaña gracias a la actuación de Álvaro Negredo, que fue el máximo goleador, destacando la victoria en Riazor el día de su debut por 0-3 (colocándose 2º temporalmente),9 la goleada por 1-4 al Sevilla en el Sánchez Pizjuán10 y el triunfo por 2-0 frente al Real Madrid en el Estadio de los Juegos Mediterráneos.11 Consiguió la permanencia matemática al empatar 1-1 contra el Betis,12 a falta de tres jornadas para terminar el campeonato, sin haber pisado los puestos de descenso en toda la temporada y, finalmente, quedando octavo en la tabla clasificatoria, la segunda mejor clasificación de la historia de la liga de un equipo recién ascendido.13 De hecho, tuvo la oportunidad de jugar la Copa Intertoto de la UEFA, pero finalmente no lo hizo al no inscribirse a la competición en el tiempo estipulado. Ese mismo año sólo fue superado por la Juventus como mejor novato.

La siguiente temporada, la 2008/09, no puede comenzar mejor: el Almería gana al Athletic de Bilbao por 1-3 en La Catedral. El Diario Marca, en su crónica del partido, afirmaba que "El Almería saca los colores al Athletic".14 Sin embargo, el juego del equipo y los resultados no siguieron siendo buenos, por lo que el 21 de diciembre de 2008, habiendo sólo conseguido 6 puntos de 30 posibles, el presidente Alfonso García decide destituir a Gonzalo Arconada.15 El 22 de diciembre del mismo año se anuncia que el nuevo entrenador es el mexicano Hugo Sánchez,16 el cual realiza una extraordinaria segunda vuelta logrando la salvación del equipo, dejándolo en un meritorio undécimo lugar. Los dos nombres propios de esa temporada fueron, sin duda, Pablo Piatti y Álvaro Negredo. El primero porque se convirtió en el fichaje más caro de la historia del club, al desembolsar 7,5 millones de €, y el segundo porque fue el pichichi del equipo con 19 goles y uno de los máximos goleadores de la Liga, siendo convocado por la Selección Española.

En la temporada 2009/10, Hugo Sánchez fue destituido en la jornada 15 tras un cúmulo de malos resultados que acercaron al equipo a los puestos de descenso,17 siendo sustituido por Juan Manuel Lillo, el cual lo hizo reaccionar, alejándolo de los puestos de descenso, y finalmente dejándolo clasificado en 13ª posición.18 Sin embargo, Lillo también sería cesado. Ocurrió en la jornada 12 de la temporada 2010/11, después de perder el correspondiente encuentro frente al FC Barcelona por 0-8,19 siendo ésta la derrota más abultada en la historia de la UD Almería en Primera División. Juan Manuel Lillo fue sustituido por José Luis Oltra, entrenador procedente del CD Tenerife.

En esa misma temporada, el Almería obtuvo uno de sus mayores logros a nivel nacional: alcanzar unas semifinales de la Copa del Rey, tras vencer al Deportivo de la Coruña en cuartos de final por un resultado global de 4-2.21 Desafortunadamente, cayó eliminado frente al FC Barcelona, tras una mala actuación del conjunto almeriense. Dicho logro se consiguió bajo las órdenes del entrenador valenciano José Luis Oltra.

Sin embargo, Oltra fue destituido el 5 de abril de 2011, tras perder frente al Athletic por 1-3 en la jornada 30. El club, considerando que aún tenía posiblidades de permanencia, fichó como entrenador a Roberto Olabe, quien tiempo atrás fue director deportivo de la entidad rojiblanca.22 Pero el 7 de mayo de 2011, el equipo desciende matemáticamente a Segunda División tras perder 2-0 frente al Getafe en el Coliseum Alfonso Pérez, a falta de 3 jornadas para el final de la Liga.

De nuevo en Segunda (2011-actualidad)

En la temporada 2011-12, el Almería retorna a Segunda División tras su periplo de cuatro temporadas en la Liga BBVA. El 1 de junio de 2011 se anuncia que el entrenador elegido para sustituir a Roberto Olabe es el joven entrenador argentino Luis Zubeldía; pero la RFEF no le concedió la licencia para entrenar en España, ya que no había entrenado 3 temporadas completas en su país.23 De este modo, el Almería se decantó finalmente por el granadino Lucas Alcaraz,24 que regresa a la capital almeriense 13 años después.

El arranque de temporada del equipo es sobresaliente y se logra alcanzar el liderato en la jornada 7, siendo el único equipo de la categoría sin perder un encuentro en todas las jornadas disputadas. Sin embargo, el equipo entraría en una fase irregular y, tras caer hasta el quinto puesto al encadenar 6 jornadas sin ganar, el técnico andaluz fue destituido la noche del 3 de abril de 2012, tras ver peligrar el consejo del club el ascenso a Primera.25 Su sustituto fue Esteban Vigo, que trató de frenar la mala racha y consolidar la posición de promoción de ascenso en los 11 partidos restantes,26 pero finalmente no lo consiguió y el equipo finalizó 7º, a un solo punto del "play-off".