El Écija Balompié, tal y como lo conocemos actualmente, fue creado en 1968.Se construyó sobre los cimientos del club que se fundó en 1939 y que acabó desapareciendo por problemas económicos y que reapareció reciclándose en entidades como el CD Écija, Écija CF y en el Recreativo Ecijano.



Tras dos años sin fútbol en Écija (de 1966 a 1967) se funda el Écija Balompié S.A.D. impulsado principalmente por aficionados de la ciudad e ilustres personalidades como el presidente de la federación Andaluza de Fútbol, Don José F. Acedo Castilla.
La iniciativa contó con notables apoyos, como el regalo de las indumentarias para los jugadores, donadas por la Federación, así como ayudas en efectivo para la instalación de duchas en los vestuarios.
El Écija Balompié disputa su primera competición oficial en 1969 en el campeonato de la Copa de Primavera y posteriormente militando en Regional.
Fue en 1987 cuando el club logra el ascenso a Tercera División. En ese periodo en Tercera el Écija acarició el ascenso al lograr dos subcampeonatos.
En 1992 el club logra un nuevo ascenso y alcanza la Segunda División B donde durante las tres siguientes temporadas queda a un paso de alcanzar la categoría de plata (segunda A).
Fue en junio de 1995 tras una disputada liguilla de ascenso, cuando el Écija Balompié logro el ansiado ascenso a Segunda División. La eliminatoria final por el ascenso se disputó contra el Levante U.D. en el partido de ida disputado, en el hoy día conocido como, estadio Ciutat de Valéncia el Écija balompié se marcho al descanso con un marcador adverso de dos goles a cero. Durante la segunda parte el equipo blanquiazul realizó la proeza de marcar cuatro goles, remontar y ganar el partido.
Tres días más tarde, En el encuentro de vuelta, celebrado en el Municipal de San Pablo, el cuadro astigitano logró un valioso empate con el equipo levantino que sumado al empate del C.D.Numancia (tercero en discordia en la pugna por el ascenso) certificaba el ascenso del Écija Balompié a la Segunda División del fútbol español. Categoría en la que permaneció durante las dos temporadas siguientes.