El Baeza CF nació el pasado diecisiete de septiembre del año 1973, y hasta los días de hoy es el equipo representativo de la localidad baezana. Con anterioridad en la ciudad ha habido otros conjuntos con otras denominaciones que representaban el fútbol federado de la localidad por comarcas cercanas y regionales, como el Bulari, el Baeza Deportivo o Once Rojo
El primer equipo que se conoce es el denominado Once rojo, que defendía el nombre de la tierra allá por la primera y segunda década del siglo veinte. Tras la desaparición del primer equipo formado en la ciudad le continuó el Baeza Deportivo, el cual estuvo en competición de Regional Preferente la mayoría de sus temporadas en competición, consiguiendo el ascenso a la categoría nacional pero tan solo lo hizo de forma fugaz, una única temporada en tercera división, en la cual jugaban los mejores conjuntos de cada provincia con el resto de la autonomía, este club dejo paso al Bulari.

Un equipo que fue el último en disputar sus partidos en el antiguo estadio de la localidad, siendo un gran equipo en categoría provincial, y jugando varias temporadas en Regional Preferente, con otras localidad de la zona oriental andaluza. Luego tras una nueva desaparición de un club baezano, se dió pasa al actual Baeza CF.
El comienzo fue complicado como todos, pero conforme pasaban las temporadas más se fue asentando la entidad en el grupo sexto de la Regional Preferente, en la temporada 1987/88 el club se alzó con el subcampeonato de la Regional Preferente y eso le dio derecho a disputar una promoción de ascenso para dar el salto a la tercera división grupo noveno, pero no le sonrió al fortuna y el equipo tuvo que conformarse con la vuelta en la temporada siguiente a volver ha intentarlo.

En la temporada 1989/90 la cual ponía punto y final a la década de los ochenta se consiguió el ascenso en la promoción de ascenso a la categoría nacional tras repetir subcampeonato de la Regional Preferente y regresó por la puerta grande a la tercera división, en unos actos en dónde el equipo fue recibido en el Ayuntamiento de la ciudad por el alcalde en esa época Eusebio Ortega entre gran vitores de los aficionados que colapsaban la calle Gaspar Becerra junto con la Banda Municipal de Música que interpretó los himnos de la ciudad y de Andalucía.
En esta división estuvo en un periodo ininterrumpido de nueve temporadas, haciendo el mejor juego que se recuerda en la ciudad y marcando la época dorada de este histórico conjunto, el cual tocó techo con la disputa de su primera participación en la Copa de SM Rey, en la temporada 1992/93, tras haber terminado la pasada campaña en quinto lugar y firmar hasta el presente la mejor temporada en la historia del club.

En el torneo copero cayó eliminado en la primera ronda ante el Polideportivo Ejido, el cual en la siguiene fase fue vencido a manos del Cádiz CF, la anécdota en esta fase fue que se tuvieron que instalar unos focos de iluminación con una potencia requerida al ser exigidos por la R.F.E.F. una iluminación mínima para este tipo de competiciones estatales. En la temporada 1998/99 el equipo no responde a las expectativas y queda penúltimo clasificado regresando tras su magnifico periplo a la Regional Preferente.
En la temporada 1998/1999, primera después de la gran etapa firmada por hombre como Alaminos, Cortes, Chico, y un largo etcetera de elenco de peloteros. el proyecto de regreso a la categoría de tercera división fracasa y el equipo firma un insuficiente quinto puesto en la temporada 1999/2000 que supo a poco y en dónde se vio reflejado el gran nivel provincial de los equipos de la dura Preferente dónde primaba los terrenos de juego de albero.

En la primera temporada del nuevo siglo (2000/01), se intenta hacer un proyecto de reforma en la plantilla pensando en la camada y nuevas generaciones dando paso a un gran grupo de canteranos, el proyecto deportivo giraba en gente de la casa, para relanzar el fútbol baezano, el equipo careció de experiencia en la categoría y los resultados no acompañaron al representativo, de forma clara y evidente quedó penúltimo clasificado y se consumó un nuevo descenso, siendo este a la primera provincial, cayendo el balompié baezano al origen de todos los equipos y la, categoría más profunda del fútbol provincial.
Pero eso no fue lo peor y el club en la temporada 2001/02 volvería a la senda del triunfo, proclamándose subcampeón del grupo segundo de la primera provincial, tras una gran temporada del Puente de Génave CF que quedo como campeón del grupo segundo, grupo que encuadraba a la comarcas de Sierra Segura, Sierra Cazorla, La Loma, El Condado y Nuevas Poblaciones, pero de poco le iba ha servir el tener una plaza en la Regional Preferente tras una temporada de ausencia porque el ascenso no llegó, ya que meses más tarde del esfuerzo cosechado, la entidad se iba ha quedar sin equipo para competir de forrma federada, con lo cual no hubo fútbol en la ciudad en la temporada 2002/03 y ha sido hasta la fecha el único año en dónde el Baeza CF ha faltado a competición oficial.

El año en blanco propició una fuerte reflexión en la afición baezana, hubo cambio y nueva directiva y se decide en ese verano que la temporada 2003/04 regreso el Baeza CF a la competición logrando el subcampeonato en una temporada algo movida en el banquillo ya que Juan Manuel Pérez Herrera empezaba la temporada como cabeza visible del proyecto, un hombre de la casa que vería como en las últimas jornadas era relevado por hasta ahora el técnico del juvenil Manuel Ruiz Valera quedando a la conclusión de la competición en el segundo grupo de la primera provincial y ascendiendo de forma evidente a la Regional Preferente quedando por delante del CD Túgia Juego Limpio y detrás del titulo cosechado por el Puente de Génave CF.
En la temporada 2004/05 le costó al equipo dirigido por el ubetense Manuel Ruiz Valera adaptarse a la categoría, siendo una primera vuelta marcada por los errores y las novatadas sobre el terreno de juego, pero una gran segunda vuelta hizo que el equipo remontará puestos en la tabla clasificatoria y finalizará el campeonato en tercer lugar, esa plaza le daba derecho a disputar frente al tercer clasificado de la Regional Preferente Malagueña una promoción por vacante de ascenso a la reciente creada Primera Andaluza. Una división creada en la pasada temporada la cual esta formadas por el mismo número de equipos de las provincias de Málaga y Jaén. En la eliminatoria disputada, primero en Baeza (1-2)y luego en Marbella (0-2), haciendo que el equipo baezano tuviera algunas esperanzas al ascenso y de estreno de categoría en su historia, pero los descensos de equipos a Primera Andaluza y los pocos ascensos de esta categoría a la categoría nacional imposibilitaron el salto de categoría del Baeza CF.

Así que en la temporada 2005/06 el equipo baezano jugaría por segunda vez consecutiva en la Regional Preferente, la cual dominó de principio a fin sin abandonar el primer puesto en ninguna fase del campeonato, proclamándose vencedor con varias jornadas de adelanto, consiguiendo el club baezano por primera vez en su historia este ansiado trofeo, además de conseguir el galardón a ser el conjunto más deportivo de la categoría, trofeo que le entrega la Cadena Ser (Radio Jaén).
En la temporada 2006/07 el conjunto debutó en la categoría biprovincial, dónde se dejaba ver la superioridad de plantillas de los conjuntos malagueños ante los jienenses, el equipo baezano se reforzó con jugadores destacados de toda la comarca de la Loma de la mano una temporada más en el banquillo de Manuel Ruiz "Kranquel" que tuvo un final como inquilino del banquillo algo agrio ya que fue cesado durante la temporada y su lugar fue ocupado por un viejo conocido de la afición en la vuelta de Roberto Romero al banquillo rojillo y se obró el objetivo de la permanencia, mientras que dos equipos coprovincianos como el filial del CD Linares y los vecinos del CD Úbeda Viva fueron claros descendidos mientras que en la zona alta el CD Iliturgi consiguió el campeonato y el CD Mengibar el subcampeonato ascendiendo ambos de la mano al grupo noveno de la Tercera División.

En la temporada 2007/08 fue la temporada de asentamiento en esta costosa categoría tan dolorosa para los equipos de lo largo y ancho de la provincia olivalera, el Baeza CF quedó en mitad de la tabla siendo la regularidad en la competición su gran premisa haciendo buenos partidos sobre todo los disputados como local, en esta temporada que repitió inquilino en el banquillo Roberto Romero en lo que sería la última temporada de la legislatura como presidente de la entidad de Miguel Perales Rentero.
En la temporada 2008/09 hubo nueva directiva encabezada por Antonío Garrido Santoyo en la presidencia, mientras que en los banquillos recalaba el técnico ubetense Juan Latorre el cual fue en dicha temporada el que consiguiera el mejor puesto para el club baezano en esta categoría, con un séptimo lugar en dónde las últimas jornadas el equipo llegó con el físico justo y no pudo luchar por los puestos de privilegio que daba opción a la disputa por vacante de categoría nacional.

En la segunda temporada del técnico Juan Latorre la 2009/10 se calcó lo realizado en la temporada antecesora y el club quedó en una décima plaza que supo algunos aficionados poco y el equipo se convirtió en la mediocridad conformándose por estar en zona de nadie campaña tras campaña, sufriendo mucho en la competición los meses de Diciembre y Enero con las campañas olivareras en dónde algunos jugadores no podían viajar a tierras malagueñas al no poder compaginarlos con los tajos en plena campaña de aceituna.
Llegaba la temporada 2010/11 y la controversia entre directiva y afición ya que se adoptaba por los dirigentes rechazar a la categoría autonómica por ser inviable dado el poco número de equipos participantes de la provincia y cada vez ser mayor los desplazamientos a tierras malagueñas sumándose a la decisión de la entidad otros conjuntos de la provincia que optan por enfrentarse a la RFAF la cual se ve obligada a rellenar los cupos con equipos de Málaga, por lo que el equipo baezano compite en la Regional Preferente quedando subcampeón de la categoría de la mano del técnico hispano argentino Roberto Romero en su tercera etapa en el club de Baeza quedando por detrás del todopoderoso Linares Deportivo y ganando a este en un final apoteósico en el tiempo añadido del último partido de la liga y siendo este el partido más emocionante que se recuerde en la historia reciente del equipo, con una gran invasión de campo al señalar el colegiado del encuentro el pitazo final, siendo el punto y final a la gestión de Antonio Garrido Santoyo como presidente.

La vuelta a la categoría autonómica fue aprovechada por un grupo de directivos de la ciudad ubetense de colgarse la medalla de la salvación del Baeza CF con un proyecto impropio a los tiempos que corría y muy fantasioso con el técnico de la ciudad vecina, Juan Padilla, el cual creó mucho debate y enfrentamientos entre directiva, aficionados y plantilla con marchas de muchos pilares de la plantilla baezana, lo que provocó su salida inminente y la llegada nuevamente del técnico que obró el último ascenso de categoría y que puso al Baeza CF nuevamente en esta categoría, Roberto Romero, cogió a un equipo desahuciado y casi obra el milagro de la salvación.

Las últimas temporadas el equipo ha competido en la renombrada Primera Andaluza Jienense, máxima categoría provincial dónde la entidad siempre ha estado en los puestos nobles de la tabla clasficatoria destacando el subcampeonato obtenido en la temporada 2017/18 a solo tres puntos del campeón y ascendido a la categoría autonomica como fue nuestros vecinos del Begijar CF disputandose un partido de ascenso ante este equipo pero decantandose la promoción de categoría para el combinado begijeño.
En la temporada 2018/19 el equipo firma una temporada que culmina en la sexta posición pero con un gran papel en la Copa Subdelegada del Gobierno, siendo finalista del torneo a las órdenes del téncico Gabi Cañete y con una plantilla muy comprometida que finalmente no pudo alzar el trofeo que recaló en las vitrinas del CD Navas que se impuso en una frenética tanda de penaltis tras culminar el partido en un empate a un tanto.
Para la temporada 2019/20 se forma un plantel con jugadores que venían destacando en sus respectivos clubes de la provincia durante los pasados cursos y unido al staff técnico hace renovar las ilusiones y situar al equipo en la zona alta de la clasificación compitiendo el liderato ante el favorito de la competición como es el CD Navas llegaría la pandemia y con el parón la RFAF Jaén decide suspender sus competiciones consiguiendo el club un ascenso anticipado al no disputarse lo que restaba de competición en una pugna desde el inicio del curso deportivo con el CD Navas.

La temporada en División de Honor es compleja con partidos a puerta cerrada y subgrupos para aminorar desplazamientos y costes a los clubes en una competición muy pendiente de los condicionantes de la pandemía, con suspensiones de compromisos, parones, y gradas con solos unos privilegiados presenciando encuentros el equipo compite bien pero carece de experiencia y cae al subgrupo de permanencia dónde no consigue obrar la permanencia regresando así a la categoría provincial.

En la temporada 2022/23 el club con sabía local consigue formar una mezcla idónea de veteranos y nóveles en la competición dónde firman un meritoria tercera plaza tras CD Iliturgi que obra el campeonato y el Begijar CF, haciendo un papel majestuoso en la Copa Subdelegada del Gobierno alzando su primer título al doblegar por un solitario gol al filial de la UDC Torredonjimeno, que era el vigente campeón.

Para finalizar el año 2023 el club consigue proclamarse campeón de la Copa Provincial y clasificarse a la fase autonomica de la Copa de Andalucía cerrando la conmemoración de su cincuentenario con dos titulos coperos en sus vitrinas pero la temporada no sería fructifera ya que el conjunto salvó la categoría y sufriria el mazazo de perder a su presidente Pepe Cañero dejando un vacío en el fútbol local irreparable.