La SD Compostela termina la temporada 2003-04 en penúltima posición del grupo II de Segunda B, por lo que le correspondía iniciar la temporada 2004-05 en Tercera División, pero el impago de las deudas contraídas, estimadas en más de mil millones de pesetas, con jugadores y empresas provoca el descenso automático a la Regional Preferente. Ese año la junta general de accionistas aprueba liquidar la entidad, pese a la oposición de algunos socios y del ex presidente, José María Caneda. El proceso llega a su fin en el verano de 2006, con la subasta pública de todos los bienes del equipo, incluidos todos los trofeos del club, la marca "SD Compostela", accesorios de lavandería, coches del club o sistemas de calefacción.10 El ex presidente José Albarrán pagó 61.000 euros por todos los trofeos logrados por el equipo en sus más de 40 años de historia.11

Al mismo tiempo que se iniciaba el proceso de liquidación de la SAD Compostela, se creaba en Santiago de Compostela otro club (Campus Stellae) que es el que heredería los derechos deportivos del club compostelano bajo la fórmula de cesión. El ex presidente José María Caneda adquirió en la subasta pública el nombre "SD Compostela", y posteriormente pasó a ocupar la presidencia del Campus Stellae. Esta operación permitió refundar el equipo, ya que jurídicamente se trata de otro club (Campus Stellae) que carece de deudas y que únicamente utiliza la marca deportiva "SD Compostela". Esto le permite competir en categorías nacionales con este nombre, pese a la oposición de los administradores del equipo.12 El club inició la temporada 2008-09 en Tercera División, con el objetivo de ascender a la Segunda División B. Caneda, en un charla ofrecida en la facultad de económicas de la Universidad de Santiago de Compostela aseguró que su objetivo era llevar el equipo a primera división en solo 5 años.

La temporada 2008/09 logró ascender a Segunda División B tras proclamarse campeón de su grupo de Tercera e imponerse al Monzón en la promoción de ascenso. La temporada 2009/10 no ha fue nada buena para la SD Compostela. Jugadores amenazando de huelga, muchas deudas y un mal início de liga, condenaron prácticamente a la SD Compostela al descenso, que se hizo oficial a falta de unas jornadas para el final de la liga. La temporada fue mala pero tuvo sus buenos momentos, como ser el primer equipo en puntuar, en Ipurua de Eibar, tras ir perdiendo 2-0, y al final empatar a dos, o la victoria en Pasarón contra el Pontevedra por 1-2.

En esta nefasta temporada la policía nacional llegó a irrumpir un entrenamiento para pedir los papeles a los jugadores.

En la temporada 2010/2011, el compos vuelve a Preferente, ante los impagos, y Caneda se retira como presidente del club dejando sitio al abogado, Sr.Gayoso como nuevo dirigente del club. Gayoso duraría escasas semanas en el cargo, recuperando de nuevo la presidencia el polémico dirigente Caneda. La FGF instó al club a utilizar su nombre real (S.D. Campus Stellae) y no una marca comercial adquirida en subasta (S.D. Compostela SAD).

En la actualidad 2011 Caneda dejo de nuevo el club de forma "definitiva" y ahora el cargo del club en Preferente, es reponsabilidad del empresario Antonio Quinteiro, que asumió las deudas del club y recuperó para competir el nombre de SD Compostela. También cuenta con un equipo femenino que milita en la Primera Nacional.

Una directiva renovada, procedente del área empresarial y profesional, conocedora del mundo futbolístico, se hizo cargo del equipo a comienzos de 2011 tras adquirir todos los derechos legales, solventar las deudas y lograr la recuperación del nombre fundacional. La entidad vuelve a denominarse SD Compostela y tiene entre sus retos inmediatos volver a las categorías mayores con el apoyo de toda la ciudad y comarca. Despues de 2 años en Preferente el club es campeón y asciende a Tercera División la temporada 2011/2012.