Los primeros atisbos del Atarfe, según Antonio Lasso en su libro 75 años de fútbol Granadino, datan del año 1931 jugando en campeonatos no federados. Fue realmente en 1943/44 cuando el Atarfe juega algunos partidos con el nombre de los HALCONES, siendo el primer presidente Maximiliano Jiménez Alonso. Pasaron muchos años sin participar en competiciones hasta que en 1948/49 aparece con el nombre de Atarfe C.F.
Posteriormente siempre ha participado con equipos de la capital y provincia, aunque durante dos décadas sólo lo hizo en campeonatos organizados por el Frente de Juventudes o en unos campeonatos denominados de empresas, que organizaba “Educación y Descanso” y así cambiaba de nombre cuando le interesaba o llegaba nueva directiva. Participaba en las competiciones que convenía a los dirigentes de aquella época .
No encuentra el apoyo del pueblo, que no colabora ni moral ni económicamente. En la historia, el Atarfe, ha cambiado varias veces de nombre, apareciendo sucesivamente como el Juventud Atarfeña; Deportivo Atarfe, Atarfe O.J.E; C.D. Atarfe; Cofrisur-Atarfe C.F. y Atarfe Industrial.
El primer campo utilizado se llamaba “LATOSQUIBA”, posteriormente se juega en “LA TOSCA”, después en “LAS RANAS” para pasar a la barriada del Barranco. Posteriormente se construyó el campo municipal donde se jugaron grandes partidos de TERCERA DIVISIÓN y finalmente desde hace cinco años juega en el Polideportivo Municipal construido por el Ayuntamiento y que reúne unas magnificas condiciones para la práctica deportiva envidiable por todos los municipios. Y desde hace dos años el Campo es de césped artificial.
Sin embargo desde 1956 hasta 1965 no participó en competiciones deportivas.
En la temporada de 1965/66 pretendió salir con el nombre de Juventud Atarfeña pero al final aparece con el nombre de Atarfe C.F. con una directiva presidida por Manuel Rueda Lorite. Posteriormente hubo otras cuatro temporadas que no apareció en competiciones federadas.
En la temporada 1970/71 aparece con el nombre de COFRISUR-ATARFE, La directiva la conforman : Presidente de Honor : D. Alfonso Bailón Alcalde de Atarfe, siendo su presidente : D. José Maria Delgado Jiménez con el participaron en este proyecto : Miguel Fernández Terriente, Francisco Jiménez Jiménez, Antonio Díaz Sánchez, Pedro García Herrera, Luis López Jiménez, Rafael Palacios Salas, Manuel Polo Jiménez, José Martínez Rivera, Francisco Castellano Chica, Francisco Rodríguez Ramión, Julián Martín Ortiz, Manuel Rueda Lorite, Rafael Arias País. El Entrenador era José Rando. El campo que se utilizaba se llama “Campo Nuevo”, posteriormente se llamaría “Cristina Delgado”
En la temporada siguiente se hace cargo del equipo Luis Raya que continuo durante varias temporadas al frente del equipo incluso cuando cambia de nombre en la temporada 1973/74 que pasa a llamarse ATARFE INDUSTRIAL, y se constituye una nueva junta Directiva siendo su presidente Luis López Jiménez que se encuentra apoyado con José Martínez Rivera, José Castro Jiménez, Antonio Sánchez López, Julio García Hermoso, Miguel Gómez Fernández, Miguel López Jiménez, Manuel Casado Jiménez, Francisco López García, Manuel Polo Jiménez José Ibáñez López y José Román García.
El 15 de Junio de 1975 el Atarfe participa con gran éxito en la Copa Presidente de Diputación siendo Campeón tras ganarle al Granada 74, Maracena y Arenas de Armilla siendo jugadores de aquella época: Fernando, Aguilera, Conde, Montes, Moya, Erenas, Jara, Chico, Halago, Castillo, Izquierdo, Nono y Cristóbal, Pibe, Aguilera entre otros.
La siguiente Temporada 1975/76 comienza con la sustitución del anterior presidente Gregorio Fuentes Aguilera por José Castro López al que acompañan los directivos Antonio Pérez Rodríguez, Manuel Polo Jiménez, Juan Muñoz y Manuel Díaz Rueda. El Entrenador Luis Raya es operado de “hernia de disco” y el segundo entrenador Pibe Matarán es baja por marcharse al Universitario.
Para terminar la temporada se juega el ascenso a Primera Regional contra el Linares no pudiendo hacerlo por el resultado obtenido 1-0 en casa , 2-0 fuera. El equipo que alineó el Atarfe era: Fernando, Conde, Moya, Muñoz, Montes, Jara, Nono, Martínez, Castillo, Gerardo, Izquierdo, Polo y Cristóbal.
En la Temporada 1976/77 juega en segunda Regional y vuelve a ser Presidente Gregorio Fuentes Aguilera que inicia la temporada con una cena en el bar Peña como homenaje al Atarfe Industrial Por la temporada realizada. En ella se premio la deportividad del jugador Montes, el de los goleadores a Castillo e Izquierdo, el pundonor a Muñoz la constancia a Romero y el mejor gol a Moya.
En la temporada 1978/79 y bajo la presidencia de José Castro López, el Atarfe obtiene de forma brillante el ascenso a Primera Regional, categoría que también consigue el equipo de Las Gabias..
A partir de la temporada 1979/80 el Presidente es Antonio Pérez Rodríguez que compuso una directiva con los mismos de la anterior. Antes de la construcción del campo municipal, diez de estos dirigentes del Atarfe adquirieron unos terrenos en “la Cañada”. Se pensaba construir un campo de futbol para utilización exclusiva del Atarfe Industrial. El Ayuntamiento de aquella época se opuso a la idea . Como entrenador figuraba Juan José Barón que poseía el título de entrenador regional y Luis Raya que cumplía la décima temporada en el Atarfe siendo el entrenador con más títulos para el Atarfe, entre otros la Copa Presidente de Diputación (74/75) Subcampeón 2ª Regional Aficionado Grupo A (75/76) Subcampeón 2ª Regional Aficionados Grupo Norte (77/78) Campeón 2ª Regional Aficionados (78/79)
En la Temporada 80/81 aunque en la anterior temporada se quedó tercero en primera regional la Federación le ofrece una plaza en Tercera División. Su presidente era Antonio Pérez Rodríguez y los entrenadores Luis Raya y Juan José Barón aceptaron el reto con los jugadores: Santi, Garrido, Romero, Ignacio, Halago II, Santamarina, Fernando, Pablo, Reyes, Durán Casares, Polo, Cejudo, Izquierdo, Jorge, Rios, ;Montes, Valdearenas, Castillo, Alcalá, Godoy, Cesar, Sierra, Palacios, Rubio, Conejero, TriKi y Moya.
La temporada siguiente (81/82) representó una autentica sorpresa para todos los aficionados , ya que cuando todo hacia presagiar que ese año el equipo se afianzaría en la Tercera División ,no se sabe porque el conjunto atarfeño tuvo una desafortunada actuación y descendió a la Preferente.
A raíz de este descenso empiezan los problemas . Luis Raya deja la dirección técnica del equipo y es contratado por el Granada-74 Incluso la directiva que parecía tan firme se deshace. La nueva directiva está compuesta por Antonio Barón España como presidente, y le acompañan Inocencio González Rodríguez, Francisco Aranda Quiles, Manuel Moleón Carmona,Adolfo Rajoy Pérez, Antonio Rodríguez Castellanos y Manuel Mariscal Moleón. Se contrata a Antonio Hita de entrenador que hace los fichajes oportunos para completar el equipo con ciertas garantías para intentar de nuevo el ascenso a tercera. Se juega en Regional Preferente. Lo más destacado de esta temporada es que los Juveniles dirigidos por Fernando Moreno, consiguen ser campeones de la Copa Gobernador Civil y los alevines quedan campeones en el grupo “Pueblos”.
En la temporada 1983/84 Inocencio González Sanjuán es el presidente que compone nueva junta directiva. El inicio de la temporada fue regular con Juan José Barón de entrenador. Después de unos resultados negativos, se hizo cargo del equipo Gerardo Castillo que en poco tiempo mejora la situación deportiva, lo que hace que la posición en la tabla al final de temporada sea cómoda `para el equipo y la afición.
Nuevamente en la temporada 84/85 se cambia de presidente y desde julio de 1984 es Manuel Moleón Carmona el que dirige al equipo. El entrenador Antonio Hita es cesado el 26 de agosto de 1984.. El Atarfe acaba en décimo tercer lugar. igual que en la temporada siguiente. En la temporada 86/87 continua de presidente Manuel Moleón teniendo a Gerardo Jiménez de Vicepresidente. El entrenador es Santiesteban y la plantilla estaba formada por Carlos, Pablo Navajas, Germán, Raya, Polo, Pablo, Castro, Vicente, Ignacio, Conejero, Jimena I, Jimena II, Robles, Zurita, Juanele, Lobón , Fernando y Emilio.
Gran día en Atarfe cuando el 2 de Septiembre de 1986 se inaugura el nuevo campo municipal de Atarfe construido en los terrenos del Polideportivo. El coste del mismo se eleva a más de tres millones y medio de pesetas. Se destaca la aportación de Francisco Jimena, que aporta mano de obra y materiales.
En la temporada 87/88 continua Santisteban como entrenador y se participa en regional preferente. acabando terceros.
Se puede decir que la revolución contemporánea del Atarfe llegó con la incorporación de Manuel García Machado a la Presidencia. Contaba en su Junta Directiva con Francisco Jiménez, Rafael Lorca y Manuel Lucero. Su vinculación de toda la vida al fútbol con titulo de entrenador , el haber pertenecido a varios equipos provinciales, entre ellos el Atletico Chana, donde figura como fundador, y, sobre todo su posición económica en aquel momento le hacen ser un presidente conocedor de todos los aspectos futbolísticos, tanto deportivo como económico que pueden ilusionar a la dormida afición. El entrenador es Gerardo Castillo Megias.
En la temporada 89/90 continua García Machado en la Presidencia y Gerardo castillo como entrenador que se queja de que se quiera contratar a Aguirre Suarez. La plantilla estaba compuesta por Julio, Maquiles,Curro,Fernando; Comino, Verdú, Tari, Oña, Jacinto; Adolfo;Luis, Revelles, Edu y Ernesto. En esta temporada se juega la fase de ascenso a Tercera División en el Grupo D, no pudiendo lograrlo. En la Asamblea anual , celebrada a final de junio de 1990 a la que asistieron 80 socios de los trescientos que tenia el Atarfe, la Junta directiva presentó las cuentas en las que aparecía un déficit de 9 millones de pesetas que fueron aportadas a fondo perdido por el propio presidente.
El presupuesto aprobado para la próxima temporada ascendía a más de trece millones de pesetas, por lo que se prepara el equipo y la directiva a conciencia para el posible ascenso a Tercera División, objetivo que es conseguido en la temporada 90/91 ganándole al Torredonjimeno el 17 de Junio de 1991 por 4-1 con la alineación de Maquiles, Curro, Gabriel, Germán, Verdú, Ernesto, Benito, Javier, Camacho, Prados, Juan Carlos, Maza, y Adolfo. La directiva y el entrenador Gerardo Castillo fueron aclamados por los aficionados por la magnifica campaña realizada consiguiendo el ascenso a Tercera División. Se creó una desaforada euforia en Atarfe entre la afición que aumentó como nunca, lo que hizo que siguiera de presidente Machado y de entrenador Gerardo Castillo en la temporada siguiente.(91/92).
En la temporada 92/93 se sigue en Tercera y se produce una revolución en la plantilla bajo el mando de Antonio Serrano como entrenador. La plantilla la componen: Carlos, José Manuel, Rico, Curro, Jorge, Falín, Verdú, Vega, Contreras, Quevedo, Juanma, Angel, Carrillo, Camacho, Moleón Tabeada, Francis, Izco, Franco, Ayllón, Herrera y Javier.
El 28 de Mayo de 1993 y ante la actitud de determinada parte de la afición de Atarfe, presenta su dimisión irrevocable el presidente Manuel Moleón después de 5 años de presidencia.
En Junio de 1993 se produce la llegada de una nueva directiva presidida por Gerardo Jiménez García, atarfeño de pro y exjugador del Granada que nunca se había planteado la posibilidad de ser presidente, pero se puede decir que el cargo le llegó en forma de imposición, ya que al marcharse el Sr. Machado era necesario que entrara alguien y casi le obligaron a ser presidente. Le acompañó José Fernández Santisteban otro gran aficionado, también exfutbolista que partían con la ilusión de permanecer en tercera con el apoyo de Francisco Jimena y del Ayuntamiento. El entrenador José Parejo que con un presupuesto de 18 millones lograron un 6º puesto.
Parejo trae como refuerzo a exrecreativistas en los que confía y hace una aceptable plantilla que componen: Manolo, Lozano, Curro, Del Moral, Quevedo, Vega, Moleón, Ortega, Jorge, Braulio, carrillo; Germán, Javi, Lalo; Camacho, Ayuso, Richard, Criado, Atienza y Bar.
Los problemas económicos llevan a la directiva de Gerardo Jiménez a presentar la dimisión. Una profunda crisis sumió al Atarfe en la soledad sin directiva, sin jugadores y sin dinero para afrontar la temporada 94/95. Hubo que celebrar 5 asambleas para poder elegir nuevo presidente, ya que no había ningún candidato. En la cuarta asamblea se presentó a la presidencia Miguel Lamolda García que fue rápidamente presidente. Este sólo duró unos días, pues los serios contratiempos económicos y la poca salida que le veía al equipo, le obligaron a presentar su dimisión irrevocable.
Cuando todo hacía prever la desaparición del club, la junta electoral convoca nuevas elecciones en la que se presentan Indalecio Herrera que obtuvo 11 votos y García Machado que obtuvo 39 por lo que fue elegido de nuevo D. Manuel Gª Machado con el objetivo de subir a Segunda B.
Comenzó la temporada 1994/95 con Gerardo Castillo como entrenador y en la temporada siguiente 95/96 con Fernando Moreno como entrenador. En la temporada 96/97 Manuel Machado incorpora a Carlos Mª Rodríguez como entrenador, y el final de la liga fue desolador ya que se descendió a Regional Preferente al no conseguir nada más que 39 puntos, al ganar sólo 9 partidos , empatar 12,y perder 19. El Presidente fue sancionado con seis meses de inhabilitación por agresión a un colegiado.
Durante las temporadas 97/98 hasta la temporada 2004/2005 el equipo participa en regional preferente teniendo como presidente a Miguel Pérez Molina teniendo varios entrenadores: Pepe Sánchez (98/99) Miguel Álvarez Conejero (99/00) Antonio Santisteban “Santi” (2000/01- 01/02) Luis Navarro (2002/03-04/05).
Es de destacar que en la temporada 2000/01 el 29 de abril el Atarfe ya es campeón de la Regional Preferente, jugando la liguilla de ascenso contra el Mancha Real, Vera y Puerta Blanca. El atarfe se quedó en tercer lugar.
Se remodeló la Junta Directiva y el Atarfe quedó en tercer lugar. Y en la Temporada 2004/05 se participa por ascenso en la nueva categoría creada PRIMERA ANDALUZA, siendo presidente Rafael Larios y entrenador Luis Navarro. Rafael dimite y continua Miguel Pérez Molina, el cual dimite tras una temporada de apuros que mantuvo la categoría.