En 1982 se inicia el periplo de este club representativo de la localidad de Los Villares siendo las personalidades de Francisco Abril, Don Alfonso Martín, Don Manuel Gallardo, Don Antonio Romero y Don Jorge Abril crearon Los Villares CF. En 2004 hay un cambio significativo en la junta directiva cambió cogiendo las riendas Don Ángel Cabrera.
Poco después, el que hasta entonces era vice-presidente; Pedro Díaz, se hace presidente y con él al frente el club logra sus mejores años deportivos consolidando en la Tercera División del fútbol español al club.
Después de tres temporadas en dicha categoría, la directiva decide dimitir vista la dificultad y antes la incertidumbres de dar continuidad al proyecto y se abría entonces un periodo para que se presentasen aquellas candidaturas que quisieran hacerse cargo del club. Por desgracia, y a pesar de que el Ayuntamiento de la localidad ofreció su ayuda a aquellos que decidiesen hacerse con el mando, pero no hubo nadie que asumiera el reto y el club se quedaría sin competir en ninguna categoría federada.
En 2017 Don Luis Heredia coge las riendas del club durante tres años, viviendo un ascenso a la máxima categoría del fútbol jienense, siendo 6 de Junio de 2020 Don Jesús Melero el que se hiciese con la presidencia de la entidad pero el 11/02/2021 presentaría su dimisión irrevocable, cogiendo el cargo temporal el hasta entonces vicepresidente; Antonio J. Barranco que lleva con buena lid su mantenimiento y gestión.