Fundado en 1992 tras la desaparición del Club Deportivo Antequerano, club histórico fundado en 1939. Ya en su primera temporada cosechó el importante éxito de volver a categoría nacional, quedando en segunda posición en la Regional Preferente malagueña con la denominación CF Antequera-Puerto Malagueño . Desde entonces es en esa categoría donde más tiempo ha estado el conjunto verdiblanco, si bien ha militado tres campañas en Primera División Andaluza y una, su mayor logro hasta el momento, en la Segunda División B . Actualmente sigue militando en el Grupo IX de la Tercera División Española siendo uno de los equipos con más respeto dentro de la categoría.
Ascenso a 2 division B
En la temporada 2007/08 el equipo verdiblanco firma una grandísima temporada, certificando su mayor hito deportivo. Dirigido desde el banquillo por José Carlos Fernández "Tello", acabando como subcampeón del grupo IX de Tercera División tras el CD Roquetas y con derecho a jugar la promoción de ascenso a Segunda B. En primera ronda eliminó al Narón BP con resultado de 0-0 y 4-1. En segunda ronda eliminó al Caravaca CF y ascendió a Segunda División B veintisiete años después de que lo hiciera el CD Antequerano. En la temporada 2008/09, el conjunto andaluz debutaba en la Segunda División B acabando la temporada en 16ª posición, jugando la eliminatoria de permanencia ante el Terrassa FC y perdiendo por un parcial de 5-2 que le conllevó al descenso de categoría retornando nuevamente a la Tercera División.