Emplazada en la comarca pacense de Tierra de Barros, tiene el honor la ciudad de Almendralejo de haber sido la primera localidad extremeña en contar con un club en Primera División. Todo comenzó recién estrenada la década de los años veinte cuando ya en 1921 los jóvenes almendralejos jugaban en las eras inmediatas a la localidad, creándose el primer club en 1924 bajo el nombre de Extremadura Foot-ball Club, sociedad la cual con el paso de los años llegaría a ser el principal club extremeño de fútbol por delante incluso de las capitales regionales.
Este club que inicialmente vestía camisa rojinegra con pantalón negro formó parte de la Federación Extremeña desde su fundación en 1924 hasta 1932, año en el que conjuntamente junto a Huelva conforman la Federación del Oeste perdurando hasta 1935 en el cual los clubs onubenses se reintegran en la Federación Regional del Sur. El Extremadura F.C. sin embargo, se mantuvo ajeno a esta nueva federación y declinó participar en ella alegando lo costoso de los desplazamientos, manteniéndose activo pero sin estar federado y recordando en la memoria que desde sus inicios fue un club de Primera Categoría, y aunque no obtuvo título regional alguno, sí fue uno de los actores más destacados. En el año 1939 tras la Guerra Civil ingresa en la Federación Extremeña nuevamente, adoptando el nombre de Club de Fútbol Extremadura a partir de 1941 conforme a la nueva Ley que prohíbe los extranjerismos. En 1942, junto al resto de sociedades extremeñas activas, pasa a la Federación Regional del Sur formando parte junto a clubs andaluces debido a los problemas organizativos que padece su federación natural, permaneciendo en esta hasta 1950 en la que es reinstaurada la Federación Extremeña de Fútbol.

Con Francisco de La Hera, el club asciende deportivamente y en corto espacio de tiempo se planta en Tercera División, alcanzando la Segunda División al término de la campaña 53/54 y permaneciendo en esta siete ediciones consecutivas. La entidad que desde los cincuenta viste camisa azulgrana pasará las décadas de los años sesenta, setenta y ochenta alternando campañas entre Tercera División y Regional Preferente hasta que iniciados los noventa de el salto a Segunda División B.
Esta será su época de mayor esplendor ascendiendo a Segunda División A y continuamente a Primera División, categoría máxima en la que disputará dos sesiones, las correspondientes a las temporadas 96/97 y 98/99. Transformado en C.F. Extremadura, S.A.D. el año 1995, a partir de esta última militancia en la máxima categoría el club iniciará un periodo de estabilidad en Segunda División A primero y en Segunda División B después, coincidiendo con el cambio de siglo para empezar a presentar números rojos a mitad de la primera década. Esta situación se irá agravando considerablemente y en la temporada 06/07 sucederá el desastre que conllevará a su descenso a Tercera División y posterior paso a Preferente al ser denunciado el club por impago a jugadores por un montante de 593.000 euros y ser descendido administrativamente.

2007 – 2010
El verano de 2007 presenta un panorama desolador en la ciudad pacense con una afición dividida en la que existen sectores continuistas y otros que proponen crear un nuevo club con el que empezar de nuevo y aislarse de los problemas acaecidos recientemente, todo ello al margen de la existencia de otra sociedad como es el Atlético San José Promesas, entidad fundada en 1986 dedicada a las categorías inferiores y a albergar a los más destacados futbolistas locales. Esta segunda propuesta tal y como avanzan los días comienza a tomar cuerpo y muchas son las voces que se inclinan por el proyecto, consumándose en plena pretemporada con el nacimiento en el mes de agosto del Extremadura Unión Deportiva, sociedad que seguirá empleando los colores azulgranas de su predecesor y como terreno de juego el Municipal Francisco de La Hera, siendo elegido Diego Madera como primer presidente de la sociedad.
Los azulgranas tras inscribirse en la Federación Extremeña inician su vida deportiva partiendo desde Primera Regional en donde debutan bajo las órdenes de Juan Francisco Godoy “Pinky”, obteniendo el Campeonato de Liga 07/08 y el pasaporte a Preferente. En esta categoría se estrenan a lo largo de la campaña 08/09 y tras encadenar un elevado número de victorias consecutivas alcanzan el liderato ascendiendo a Tercera División. Una vez instalados en Categoría Nacional abordan su debut con miras a encaramarse a los primeros puestos, objetivo que alcanzan de nuevo de la mano del preparador Juan Marrero Roig con quien son terceros en Liga. Este puesto les permite entrar en Promoción, fase en la que eliminan a Novelda C.F.: 0-0 en casa y 1-1 en la ciudad alicantina; C.D. Mairena: 0-0 en Almendralejo y 2-2 en la localidad sevillana; y finalmente al Club Atlético Mancha Real: 4-2 en casa y 0-0 en la localidad jiennense, consiguiendo el merecido ascenso a Segunda División B.

2010 – 2020
En la temporada 10/11, la ciudad de Almendralejo tiene dos clubs que captan la atención de sus aficionados repartiéndose estos entre Extremadura U.D., quien juega en Segunda División B y Atlético San José Promesas, en Tercera División, ya que el equipo del C.F. Extremadura, tras descender de categoría la campaña 09/10, no es inscrita para competir en Primera Regional tras el abandono de directiva y nula respuesta del Ayuntamiento, accionista mayoritario de la histórica sociedad. El debut del club azulgrana en el tercer nivel es muy complicado con un bajo presupuesto y un nivel deportivo justo, ocupando pronto plazas de descenso y culminándose este tras ser decimonoveno con ocho victorias y ocho empates, sin opciones de salvación.