El club en sí tiene como fecha de fundación, el 3 de abril de 1959, pero los primeros datos del CD Nerja constan desde el año 1945, surge una antigua foto datada sobre los años 45 siendo un equipo no federado, y ya en el 1949 el Nerja C.F participa en un campeonato conocido como Trofeo Profiden, resultando terceros en la clasificación final. Un año mas tarde ya aparecería en el anuario de la F.E.F (Federación Española de Fútbol) como un club federado y el club comenzaría a realizar sus primeros pinitos en esa misma temporada en Categoría Provincial.

En la temporada 2010/2011 comienza una fusión progresiva con la Escuela de Fútbol del Municipio (Club Polideportivo Nerja), de forma que comienza a crearse una estructura de equipos de cantera en Segunda Provincial, conviviendo con los equipos del C.P. que participan en la Primera Provincial o superiores.

En la temporada 2011/2012 se completa la fusión de los dos clubes, participando a partir de ese momento todos los equipos base bajo la denominación de "Club Deportivo Nerja".

En la temporada 2012/2013 se comienza una nueva andadura en Regional Preferente, donde el CD Nerja registra un nuevo plantel de jugadores locales que quieren afianzar un club con más de 50 años de existencia.

En la temporada 2013/2014 el CD Nerja milita en las filas de la 1a Regional, tras quedar en penúltima posición en la campaña pasada.