El club fue fundado el 19 de mayo de 1934.

Poco después comenzaron las obras para la construcción del campo de San Benito, actual campo municipal do Alivio.

Con la llegada de la guerra civil española, el club suspende la actividad hasta el año 1944.

Participo en las ligas de Zonas Baixo Miño - Val Miñor, siendo uno de los equipos relevantes durante la década de los 50, pero entre 1960 e 1962 los equipos del Baixo Miño abandonaron la competición.

En 1963 regresa la liga Comarcal, y consiguieron su primer torneo oficial. Además, en esa época jugaron varias eliminatorias de la Copa Comarcal.

A finales de la década de 1960 la Federación Galega de Fútbol organizo una nueva competición con dos grupos con mayor cantidad de participantes, las ligas de primera y segunda división comarcal.

El equipo se consolida en la primera comarcal a comienzos de la década de 1980. Años después el Tomiño FC gano la Copa de Galicia y consiguió su primer ascenso a Regional Preferente.

Llego a disputar la fase de ascenso a Tercera División Nacional en Burela.

En la década de 1990 el Tomiño FC reforzo las categorías inferiores, y su equipo juvenil llego a jugar en la Primera Provincial. Estos refuerzos vieron su recompensa al conseguir de nuevo el ascenso a Regional Preferente con jugadores llegados de la cantera.

Después de cinco temporadas consecutivas en Regional Preferente, el equipo desciende hasta Tercera Regional.


Palmares:

1 Copa Galicia (1987-88).
4 de Primera División Autonómica (1962-63; 1986 –87; 2003-04: 2010-11).
3 de Segunda División Autonómica (1970–71; 1973–74; 1983-84).
1 de Tercera Autonómica (2015-16).
2 Campeonatos de Zonas (1956 y 1957).