El primer equipo federado en la ciudad data del año 1922 con el nombre de CD Iliturgi y ha sido el club que más ha perdurado en el tiempo en la historia del deporte local. Antes de llegar a debutar en categoría nacional, logró el subcampeonato de Copa Federación ante el CD Málaga tras perder 6-0. La temporada 1947/48 accede por primera vez a categoría nacional, al ascender a Tercera División. A lo largo de su historia, disputó 38 temporadas en esta categoría, donde ha conseguido quedar subcampeón de grupo en cuatro ocasiones y disputar numerosas fases de ascenso a Segunda División. Su última temporada en Tercera fue la 2001/02, en la que desciende al ser colista. La temporada 2006/07 acaba como campeón del grupo III de Primera División Andaluza, y consigue de nuevo el ascenso a Tercera. Sin embargo, no puede hacer frente a los pagos, y no se presenta a sus dos primeros partidos en Tercera.
A lo largo de su historia el club ha sufrido dos momentos delicados que le hicieron empezar de cero. El primero fue en 2007. Tras proclamarse campeón del grupo III de Primera Andaluza el equipo logra el ascenso directo a Tercera División, sin embargo no es capaz de asumir los pagos lo que hace que no se presente los dos primeros partidos y se vea obligado a renunciar.1​ Su puesto en Tercera no fue ocupado por ningún otro club, quedando el grupo IX con 21 participantes. El segundo momento delicado fue otro nuevo problema económico que tras seis años compitiendo en categorías regionales (2009/2015), se vea obligado a refundarse.
Este hecho le otorga su nuevo nombre, el año de refundación: 2016. Tras volver en la temporada 2016/17 en Segunda División Andaluza, se proclama campeón y consigue el ascenso a la Primera División Andaluza y tras varias temporadas en el curso 2020/21 consigue el campeonato provincial y asciende a División de Honor.

Nombres de los diferentes club en la ciudad de Andújar:
- Club Deportivo Iliturgi - (1922–1979)
-Iliturgi Club de Fútbol - (1979-1994)
- Club Deportivo Iliturgi Club de Fútbol - (1994-2007)
- Iliturgi Club de Fútbol - (2009-2015)
- Iliturgi Club de Fútbol 2016 - (2015-Actualidad)

Otros clubes federados de la ciudad:
- Andújar CF
- Andújar UD CF
- Polideportivo Koipe
- CD Nacional

Datos del legado de los anteriores clubes:
Temporadas en Tercera División: 38
Participaciones en Copa del Rey: 6
Participaciones en Copa Diputación: 2
Participaciones en Copa Subdelegado: 2