La historia del fútbol en Las Cabezas de San Juan comienza a finales de los años 20, principios de los 30. En aquella época vino una gran afición por este deporte al pueblo. En esos comienzos, los muchachos jóvenes del municipio, jugaban con los mayores con pelotas que se hacían de trapos y cuerdas. A raíz de estos partidos, varios amigos y vecinos que aprendieron a jugar formaron lo que se denomino Las Cabezas Fútbol Club, el primer equipo de fútbol que se fundó en la localidad.

Después de la guerra, en 1942, se vuelve a retomar el fútbol en el pueblo y aparece un nuevo club para su historia: el Unión Deportiva Cabecense. La fecha más importante en la historia del CD Cabecense, fue la del 5 de Agosto de 1970, que es cuando el equipo nace oficialmente en la Federación Andaluza de Fútbol y costa como presidente Juan Jesús Marín.
El CD Cabecense, desde que se federa, 1970, hasta 1980, juega en la categoría de la Segunda Regional de Aficionados. Estos 10 años es presidente Juan Jesús Marín, logrando el ascenso a Primera Regional en su último año al frente, la temporada 79/80.

Sin lugar a dudas el mayor logro fue el ascenso por primera vez a 3ª División de la mano del entrenador Fernando Japón y bajo la presidencia de Antonio Rojas, en la temporada 2005/2006, se consigue el campeonato de Primera Andaluza, y por consiguiente el ascenso a Tercera División. Sólo duró el sueño un año, pero de disfrutó mucho de esa experiencia.
Tras cinco años en categorías de andaluza, de la mano de Álvaro Raya, se consigue otro hito del fútbol cabeceño y sevillano y andaluz, dos ascenso consecutivos, manteniéndose en Tercera División, y haciendo historia y partidos memorables.