Las primeras informaciones del balompié en Almuñécar datan de 1929 con el Sexi Club, que solía jugar frente al Athletic de Motril, Sporting Club de Motril y Salobreña FC, entre otros, hasta 1932. Un año después cambia de nombre pasando a ser Club Español, desapareciendo más tarde.
A principios de la década de los 40 el fútbol vuelve a tener presencia otra vez en la localidad, que logra fundar a su equipo el 10 de febrero de 1942, fecha en la que nace el Almuñécar CF de la mano de Francisco Ruiz Jiménez y con jugadores como Joya, R. Díaz, J. Díaz, Maldonado, Quintana (veterano de los años treinta), Martín, Bustos, Ballesteros, Cabello, Canohia y Palillos.
El equipo no compite de manera oficial hasta el año 1951, como club adherido a la delegación granadina de la Federación Andaluza, y participa en la Copa de España de Aficionados, fase provincial. Era una época difícil para el fútbol de Granada, que a pesar de tener a más de ochocientos jugadores federados (incluídos los juveniles), la carencia de campos de juego lastraba el desarrollo de las diferentes competiciones. Había jornadas en las que no se podía disputar ningún encuentro y en otras, con varios de ellos anunciados, sólo lo hacían uno o dos. En esta década de los 50 se mantiene en el citado campeonato las temporadas 51-52, 52-53, 54-55, 55-56, 56-57 y 58-59.
El devenir del club continuó en los años 60 jugando el torneo de Aficionados y recibiendo a los diferentes clubes en el campo de La Resina. Compite las temporadas 60-61, 64-65, 66-67 y 67-68.
En los años 70, vuelve a escena en la 72-73 y 73-74 ya para jugar la Liga en 2ª Regional. Parón las dos siguientes campañas y vuelta a la competición 76-77, jugando como local en el campo de Taramay. En la temporada 77-78, con Manuel Martín Merino de presidente y Luis Campoy como entrenador, asciende a 1ª Regional. La AD Almuñécar 77 empieza a encargarse de la cantera. Disputa las semifinales de la fase regional de la Copa de España de Aficionados contra el CD Alcalá, perdiendo 1-5 en la ida en Almuñécar y 9-0 en la vuelta en la localidad sevillana.
En la 80-81 asciende a Regional Preferente, donde permanece once temporadas consecutivas. Decir que en la 81-82 asciende a 3ª división por primera vez en su historia, pero finalmente no participa en ella. Se queda a un paso de esta hazaña otra vez en la 89-90.
Un breve paso en la 91-92 por la 1ª Regional y otras cinco campañas seguidas en Preferente. Entre los años 1997 y 2003 alternancia de ascensos y descensos de categoría, hasta que dos ascensos consecutivos, 2003-04 y 2004-05 (Santiago García Rodríguez como presidente y Antonio Najarro "Añico" como entrenador), sitúan al equipo en 1ª Andaluza que es una división con un sólo año de vida y nuevo escalón previo a 3ª, pero se da por concluída la existencia del club. En 2001 se había inaugurado el estadio municipal Francisco Bonet.
El club se refunda en 2024 y se procede a la actualización de sus estatutos en la RAED, y al nuevo alta en la RFEF en marzo del mismo año. Para la temporada 2024-25 van a tener equipos en todas la categorías, incluído el sénior.

Desde 1942 hasta 1951 el equipo no disputa ningún campeonato oficial.
1951-52 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1952-53 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1953-54 No compite.
1954-55 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1955-56 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1956-57 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1957-58 No compite.
1958-59 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1959-60 No compite.
1960-61 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1961-62 No compite.
1962-63 No compite.
1963-64 No compite.
1964-65 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1965-66 No compite.
1966-67 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1967-68 Campeonato de España de Aficionados, fase provincial.
1968-69 No compite.
1969-70 No compite.
1970-71 No compite.
1971-72 No compite.
1972-73 Segunda Regional. Décimo.
1973-74 Segunda Regional. Grupo segundo. Duodécimo y descenso.
1974-75 No compite.
1975-76 No compite.
1976-77 Segunda Regional. Grupo segundo. Primero y ascenso.
1977-78 Segunda Regional. Grupo segundo. Segundo, promoción y ascenso.
1978-79 Primera Regional. Grupo tercero. Duodécimo.
1979-80 Primera Regional. Grupo tercero. Cuarto y ascenso.
1980-81 Regional Preferente. Grupo primero. Sexto.
1981-82 Regional Preferente. Grupo primero. Cuarto, liguilla y ascenso.
1982-83 Regional Preferente. Grupo primero. Sexto.
1983-84 Regional Preferente. Grupo segundo. Séptimo.
1984-85 Regional Preferente. Grupo segundo. Tercero.
1985-86 Regional Preferente. Grupo segundo. Undécimo.
1986-87 Regional Preferente. Grupo cuarto. Sexto.
1987-88 Regional Preferente. Grupo cuarto. Duodécimo.
1988-89 Regional Preferente. Grupo cuarto. Décimo.
1989-90 Regional Preferente. Grupo cuarto. Primero, liguilla, promoción y no asciende.
1990-91 Regional Preferente. Grupo cuarto. Decimosexto y descenso.
1991-92 Primera Regional. Grupo primero. Primero y ascenso.
1992-93 Regional Preferente. Grupo cuarto. Séptimo.
1993-94 Regional Preferente. Grupo cuarto. Noveno.
1994-95 Regional Preferente. Grupo cuarto. Decimotercero.
1995-96 Regional Preferente. Grupo cuarto. Décimo.
1996-97 Regional Preferente. Grupo cuarto. Decimoctavo y descenso.
1997-98 Primera Regional. Grupo cuarto. Duodécimo.
1998-99 Primera Regional. Grupo cuarto. Tercero y ascenso.
1999-00 Regional Preferente. Grupo cuarto. Decimonoveno y descenso.
2000-01 Primera Regional. Grupo cuarto. Cuarto y ascenso.
2001-02 Regional Preferente. Grupo cuarto. Noveno.
2002-03 Regional Preferente. Grupo cuarto. Decimoséptimo y descenso.
2003-04 Primera Regional. Grupo cuarto. Tercero y ascenso.
2004-05 Regional Preferente. Grupo cuarto. Segundo y ascenso.
Desde 2005 hasta 2024 el club está desaparecido.
2024-25 Tercera Andaluza. Grupo primero.

1ª división: 0
2ª división: 0
1ª RFEF: 0
2ª división B/2ª RFEF: 0
3ª división/3ª RFEF: 0
División Honor Andaluza: 0
1ª Andaluza: 0
Regional Preferente/2ª Andaluza: 20
1ª Regional/3ª Andaluza: 8
2ª Regional/4ª Andaluza: 4
3ª Regional: 0