Este club da paso a lo que fue su antecesor club en la ciudad de Níjar como era el CD Comarca de Níjar que nació en el año 2000 de la fusión entre UD San Isidro de Níjar y CB Campohermoso. AD Comarca de Níjar se utilizó sólo para la temporada 2000-01.como club y que militó durante once temporadas de forma consecutiva en Tercera División consiguiendo el campeonato en el grupo noveno en el curso 2010/11 pero tras consumar dos descensos de forma consecutiva hace que desaparezca al final del curso 2018/19 dónde quedó relegado en las últimas posiciones de la Segunda Andaluza Almeriense.
Siendo el Club UD Comarca de Níjar el que tomase el pulso al fútbol local dónde ha conseguido acceder a la Primera Andaluza siendo uno de los clubes más míticos del grupo almeriense.
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