El club se fundó el 9 de marzo de 1923 con el nombre de Orotava Club de Fútbol.1 En 1950 se fusionaron a él varios clubs del municipio en busca de conseguir un equipo fuerte y competitivo que representara a la ciudad norteña. Entonces cambió de nombre adoptando el actual Unión Deportiva Orotava.

Fue uno de los equipos fundadores del Grupo XII de la Tercera División, de la cual fue campeón en la temporada 1993/94. Por primera vez en su historia tenía la oportunidad de ascender a Segunda B, teniendo como rivales en la liguilla de ascenso a la Unión Deportiva Realejos, la Asociación Deportiva Laguna y la Unión Deportiva Telde. No consiguió el objetivo al terminar último, siendo el conjunto realejero el que alcanzó la categoría superior.2 Al año siguiente volvió a tener la oportunidad de alcanzar la categoría de bronce del fútbol español por finalizar tercero en la clasificación liguera. En esta ocasión se enfrentó en la liguilla al Estrella Club de Fútbol, la Unión Deportiva Tenerife Salud y la Unión Deportiva Gáldar pero volvió a quedar en cuarta posición.3 Tras tres temporadas Los Copos disputarían de nuevo la liguilla de ascenso a Segunda B después de el subcampeonato conseguido en la 1998/99. Por el grupo canario lucharían por subir, además del conjunto norteño, la Unión Deportiva Lanzarote, la Unión Deportiva Las Palmas B y la Unión Deportiva Telde. Los conejeros consiguieron el ascenso mientras que los orotavenses quedaron terceros.4 En la campaña siguiente repitió clasificación liguera y en su cuarto intento de abandonar la Tercera pugnaría con el Castillo Club de Fútbol, la Unión Deportiva Vecindario y, de nuevo, con el filial amarillo. Una vez más el conjunto tinerfeño fracasaría y finaliza en cuarto lugar.

En la siguiente temporada descendió a Preferente y ha permanecido en este nivel desde entonces, con excepción de su paso por Primera Interinsular en la 2005/06.