Se funda en 1971, inicialmente como club de fútbol. Compitiendo en regional y en categorías de base. El nombre es en referencia al club chileno Colo-Colo. En 1979 es creado el equipo de fútbol sala, que finalmente ante el interés mayoritario de los jugadores convertiría al colo en un club de este deporte.

Luego de muchas temporadas en Tercera División, en la temporada 2011-2012, Colo Colo subía por primera vez en su historia a Segunda División B. Consagrándose campeón de esa categoría en la campaña 2014-2015, perdiendo el playoff de ascenso frente a Cidade de Narón. En la temporada 2016-2017 sería nuevamente campeón y nuevamente cae en el playoff ante CFS Bisontes Castellón.

Finalmente en la temporada 2017-2018, el Colo venció en el playoff al Manresa por un global de 11-8 (5-5 en la ida y 6-3 en la vuelta), y se lograba el ascenso a Segunda División.
En su primera temporada en la categoría finaliza en la décima posición.
Junio de 1971: Carlos Salvador, José Iranzo, Carlos Laborda, Manuel Orraban, José Ignacio Lacámara y José María Sánchez, un grupo de amigos y socios del CN Helios, fundaron el Colo Colo para competir en la Liga Social de fútbol deHelios.

T. 1980/1981: El Colo inscribe por primera vez a un equipo de fútbol sala en la Federación Aragonesa de Fútbol, gracias a Luis Rasal y Cristobal Arjol, dos pilares que también han sido fundamentales en la historia del Colo. Dirigidos por Carlos Salvador, finalizan en el primer puesto con 21 victorias y un empate lo que suponía el ascenso a 1ª Senior.

Mayo de 1987: El Colo gana el Campeonato de Aragón al vencer en la final al Atlético Aragón (6-5).

T. 1990/1991: Primeros enfrentamientos ligueros entre los dos Colo: el inicial y el Colo Sala 87.

Junio del 2007: Alberto Meseguer asume la presidencia relevando en el cargo a José Luis Bentué. Con su llegada se crea un equipo infantil y otro cadete, que se une al juvenil y senior ya existentes.

T. 2010/2011: El Juvenil, con Antonio Albero de entrenador, gana la Liga Nacional.

T. 2011/2012: Se asciende a Segunda División ‘B’.

T. 2014/2015: El Colo gana la Liga de Segunda División ‘B’ y pierde el ‘Play-Off’ de ascenso frente al Cidade de Narón.

T. 2016/2017: Segunda Liga de Segunda División ‘B’ conquistada. En esta ocasión, Bisontes Castellón evitó el ascenso.

T. 2017/2018: A la tercera va la vencida y se logra subir a Segunda División superando al Manresa por un global de 11-8 (5-5 en la ida y 6-3 en la vuelta).

T. 2018/2019: El Colo acaba 13ª en su primera temporada en Segunda División, siendo uno de los equipos más goleadores de la Liga Nacional de Fútbol Sala. El Juvenil entrenado por Carlos Sampedro, campeón de Liga División de Honor.

T. 2019/2020: Temporada marcada por la pandemia del coronavirus, que obligó a suspender la competición cuando el Colo -que obtiene el Trofeo BeSoccer al equipo más deportivo de Segunda División- se encontraba peleando por la permanencia. Finalmente, se decidió que no hubiera descensos de categoría.

T. 2020/2021: Con el patrocinio principal de Full Energía, el equipo está cerca de clasificarse para la liguilla de ascenso a Primera División y vuelve a recibir el trofeo BeSoccer al equipo más deportivo de Segunda División.

T. 2021/2022: El Colo cumple 50 años y lo hace en su mejor momento deportivo con 20 equipos y más de 200 jugadores y jugadoras. El Full Energía Zaragoza pelea hasta las jornadas finales por meterse en el ‘Play-Off’ de ascenso. En Copa del Rey, logra la proeza de eliminar en dieciseisavos de final a todo un Primera División como es Palma Futsal (3-1). Por tercera vez, el equipo dirigido por Alfonso Rodríguez es premiado con el Trofeo BeSoccer al equipo más deportivo de Segunda División. El IngerTV Colo Colo queda campeón de Liga de Primera Autonómica, disputando la eliminatoria de ascenso -que pierde frente a Osasuna- a Segunda División. Y el Juvenil División de Honor queda sub-campeón de Liga y disputa la fase previa del Campeonato de España en Gran Canaria.