El fútbol llegó a Girona a principios del siglo XX. El primer gran club de la ciudad fue el histórico Strong Esport (1902 con el nombre originario de FC Gerundense). Otros clubs de estos primeros años fueron la Agrupación Juventud (1903), el Girona Sport (los seminaristas), el Atlético (de la clase obrera),el Club Patronato (social-católico), y otros menos destacados como el Gerunda, el Olímpico, el Catalònia, el Estudiantil y el Industrial. Los primeros partidos de fútbol en la ciudad se disputaron en el campo de Marte de la Devesa. En los años veinte el fútbol cobra fuerza con clubes como el CE Gerundense, fundado en 1921 y que más tarde se convirtió FC Ateneo Social Democrático, pero sobre todo por la Unió Esportiva Girona, fundada el 13 de febrero del mismo año, al unirse los elementos del Centro Gironenc, herederos del disuelto Strong, con otros entusiastas deportistas. El club pronto se convirtió en el más fuerte de la ciudad. Vestía colores amarillo y azul marino y fue el constructor del estadio de Vista Alegre, 1922. El club pero desapareció a finales de la década por los problemas económicos, a raíz de una deuda de unas 200.000 pesetas (una auténtica fortuna para aquellos tiempos).

El 23 de julio de 1930 se fundó el Girona FC, que venía a cubrir el vacío que había dejado la Unió Esportiva Girona, entidad que había nacido a inicios de los años 20 y que desapareció por problemas económicos, con una deuda de unas 200.000 pesetas (una auténtica fortuna para aquellos tiempos). En el café Norat de la Rambla se coció la creación del Girona FC, que vio la luz gracias a entusiastas como Albert de Quintana y de León, Andrés de Benito, Manuel de Chopitea, Lluís Ribas, Josep Maria Pla Dalmau, Francesc Figueras , Joaquín Medrano, Antoni Güell, Rafael Portas, Amadeu Oliva, el doctor Roca Pinet y los señores Coll y Poch. En pocas semanas se consiguió que en Girona hubiera una auténtica fiebre por el fútbol. El 1 de agosto, el Ayuntamiento autorizaba al club a hacer uso en sus distintivos del escudo de la ciudad. La directiva con la federación catalana la inclusión del nuevo equipo dentro de la proyectada ampliación de la 2 ª categoría preferente, pero las gestiones no tuvieron éxito y el equipo tuvo que empezar a jugar en la 2 ª categoría ordinaria. El primer partido oficial del equipo fue en el campo de la Colonia Artigas (1-1, con gol de Clara). La histórica primera alineación la formaron: Florenza, Teixidor, Farró, Flavià, Comas, Corradi, Ferrer, Escuder, Clara, Tarradellas y Torrellas. El equipo, que logró el ascenso en su primer año de vida, estaba entrenado por Josep Viñas, que a su vez era el presidente del colegio de árbitros amateurs de Girona. En febrero, el Ayuntamiento decidió otorgar una subvención anual al club de 2.000 pesetas con la condición de que el Girona renunciara a otra subvención para Ferias, que cediera la instalación de Vista Alegre para cualquier celebración de interés municipal y la concesión de entrada gratuita a 100 alumnos de las escuelas nacionales de la ciudad.

1935-36. Promoción de ascenso a 1a. división
Deportivamente, los primeros años del Girona fueron prolíficos, pero si hay que destacar una temporada por encima de todas, esta es la 1935-36. Antes de que comenzara, el club cerró el traspaso al FC Barcelona los jugadores Iborra y Balmanya. El Girona recibió a cambio 15.000 pesetas, la cesión de dos jugadores y el compromiso del club azulgrana de un partido amistoso el día de Todos los Santos. Aunque quedó teóricamente debilidades, los gerundenses hicieron una excepcional temporada en 2 ª división (campeones, por delante del Arenas y el Baracaldo), lo que les valió disputar la fase de promoción a 1 ª división junto con el Celta, el Zaragoza , el mismo Arenas, el Murcia y el Jerez. El Girona, penúltimo, se quedó sin ascenso. El equipo tipo de esta histórica temporada lo formaron: Francàs, Farró, Torredeflot, Campa, Castillo, Madern, Lluch, Trujillo, Burillo, Ramón y Ferrer. Ese mismo año, el Girona jugó la copa de España y cayó eliminado por el Real Betis por un global de 5-3 (1-2 en Vista Alegre y 3-2 en Sevilla).

El gran Mingu Balmanya
Domènec Balmanya pasó de jugar con el Girona a hacerlo con el primer equipo del FC Barcelona. Su indudable calidad le permitió esta meteórica ascensión, sólo truncada por la guerra, que sin lugar a discusión le cortó la progresión hacia la internacionalidad. Balmanya fue titular con el FC Barcelona, integrante de la expedición azulgrana que en 1937 hizo una gira por México y Estados Unidos, jugador de la selección catalana y del Sète, de la 1ª división francesa, equipo al que condujo al título de campeón de Francia. Balmanya formó parte incluso de una especie de selección europea -en la que también había Ricardo Zamora- que se enfrentó a Francia en un amistoso. Después de la guerra (y previo pase por Doble Siete) volvió al Barça, jugó en primera con el Nàstic y se retiró al Sant Andreu como entrenador y jugador. Como técnico, el primer equipo de Balmanya fue el Girona. Después entrenó al Zaragoza, el Oviedo, el Barcelona (también fue su director técnico), el Sète, el Valencia, el Espanyol, el Betis, el Málaga, el Atlético de Madrid y el Cádiz. En 1966 la federación española lo nombró seleccionador nacional.

El Girona, después de la guerra
Entre los años 1936 y 1939, de fútbol hubo poco, y seguramente truncó todo el empuje que había en el club y en la ciudad para situar al Girona en primera división. La guerra civil redujo la actividad en un par de ligas catalanas, una liga mediterránea (equipos valencianos y catalanes) y un montón de partidos de carácter amistoso y con determinados fines: a beneficio de las víctimas del fascismo, en provecho de las milicias antifascistas, partidos pro Hospitales de Sangre... Los estragos de la guerra también llegaron a afectar de lleno Vista Alegre, donde llegaron a caer dos bombas dentro del recinto. El fútbol volvió a la normalidad la temporada 1939-40, con el equipo jugando ya la liga de 1ª categoría catalana y la 2ª división nacional. El equipo se consolidó en 2a nacional, pero en la etapa post-guerra se cambiaron los objetivos: el ascenso se veía como un sueño lejano y el objetivo prioritario pasaba a ser el de luchar por la permanencia. El equipo bajó a 3ª división la temporada 1942-43, recuperó la 2 ª división la 1947-48 y fue alternando las dos categorías de la siguiente manera: 1948-51 (segunda división), 1951-56 (tercera división) , 1956-59 (segunda), 1959-77 (tercera), 1977-80 (segunda B) y 1980-82 (tercera).

Fèlix Farró i Martí
Defendió los colores del Girona FC desde el año de su fundación, en 1930, hasta 1946, casi siempre como titular indiscutible (superó los 600 partidos con la camiseta blanquiazul, roja). Llegó a los 17 años, proveniente de los juveniles de la Unión Deportiva Gerona. Deportista íntegro y un espejo para los aficionados gerundenses. Este defensa, que tuvo la ocasión de fichar por el Espanyol en la temporada 1935-36, se le tributó a las puertas de la retirada uno de los homenajes más impresionantes que se recuerdan en la historia del Girona FC, con la presencia , en Vista Alegre, de la flor y nata del fútbol catalán. Tras desvincularse del Girona, Farró todavía jugó unas temporadas en el Palafrugell, el Olot y el Bisbalenc.

Josep Puig i Puig ‘Curta'
El de Salt fue precisamente un alumno aventajado de Félix Farró. Juntos formaron una línea defensiva de altísima calidad. En Girona duró dos temporadas (1939-40 y 1940-41), porque el Barça llamó a su puerta. Curta no sólo se hizo con un puesto en el equipo titular del FC Barcelona, sino que le llegó la internacionalidad. Jugó tres partidos con España, contra Portugal, Irlanda y Suiza. Se retiró en Can Barça, pero continuó vistiéndose de corto durante muchos años con los veteranos del FC Barcelona.

Isidre Sala
Internacional olímpico. Ex jugador del Figueres y del Banyoles, Isidre Sala (Vilamalla, 29 de septiembre de 1940) llegó al Girona la temporada 1963-64 y permaneció hasta la campaña 1975-76. Defensa central elegante y de envergadura, sus cualidades no debían pasar ni mucho menos por alto cuando en 1968 le llegó la oportunidad de formar parte del equipo olímpico español en las Olimpiadas que se celebraron en México. Sala fue objeto de un multitudinario homenaje el 26 de agosto de 1976, durante el cual la Federación Catalana de Fútbol le otorgó la Medalla de Plata al Mérito Deportivo.

De Vista Alegre a Montilivi
El día 14 de agosto de 1970 se inauguró el estadio de Montilivi, la nueva perla de la ciudad. Era el segundo campo de que disponía el Girona, después de que Vista Alegre hubiera hecho servicio durante casi 50 años. A principios de la temporada 1967-68 la directiva proyectó la construcción de un nuevo campo que, además de ofrecer cuatro veces más espacio que el estadio de Vista Alegre, sería patrimonio del club. El sueño se hizo realidad y en verano de 1970 el club pudo ofrecer a los aficionados tres jornadas consecutivas de fútbol de élite: el 14 de agosto, partido inaugural entre el Girona y el FC Barcelona (150 pesetas la general y 300 la tribuna) y el 15 y 16, la primera edición del trofeo Costa Brava -el presupuesto del torneo, 3,5 millones de pesetas con estas semifinales: Borussia Neurnkirchen (Alemania) -Valencia y Español-San Lorenzo de Almagro (Argentina ).

El Girona-Barça congregó 25.000 espectadores en Montilivi (lleno absoluto). Ganó el Barça 3-1. El equipo que presentaron los azulgrana fue el siguiente: Reina, Rifé, Eladio, Gallego, Torres, Fusté, Reixach, Dueñas, Bustillo, Zabalza y Marcial. Vivolas marcó el primer gol del Girona en Montilivi.

Catorce años después de la inauguración, el Girona FC perdió patrimonio con la municipalización de Montilivi, una solución de emergencia aprobada durante una asamblea tumultuosa. Las deudas sacudían la entidad y se corría un serio riesgo de que el club se produjera un vacío de poder. Jordi Geli dejaría la presidencia y Joan Mis le sucedería.

El 50 aniversario
El Girona FC, ​​fundado el 25 de julio de 1930, no celebró las bodas de plata, pero la directiva quiso poner todo de su parte para programar un 50 aniversario digno de ser recordado durante mucho tiempo. El 9 de agosto de 1980, la Real Sociedad de los Arkonada, Zamora, López Ufarte, Satrústegui... disputó -y ganó (1-2) - la 11ª edición del Trofeo Costa Brava (1,5 millones de pesetas de recaudación , cuando la Real en cobraba 2). La visita por segundo año consecutivo del Real Madrid, el 13 de agosto, en la 4ª edición del Trofeo Inmortal sirvió para compensar el déficit que había dejado la visita del equipo vasco (5 millones de recaudación y el Madrid percibe 4,5). La rúbrica a las bodas de oro del Girona FC la puso la visita del FC Barcelona (victoria del Barça por 1-2 y ganancias 1,5 millones para el club gerundense). Con motivo del cincuentenario, Montilivi vio desfilar a los mejores equipos del Estado. El seguidor del Girona se volcó con el equipo llenando casi el campo en estos tres partidos estelares, y el club consiguió cubrir un presupuesto paralelo de 11 millones de pesetas (también organizó conciertos, uno de ellos con Miguel Bosé).

Coincidiendo con los 50 años del club, se recuerdan grandes entradas en Montilivi. El equipo, que jugaba en tercera división, atesoraba suficiente calidad para despertar el interés de los aficionados. El once tipo de los gerundenses lo formaban Martínez Puig, Bou, Juliá II, Sala II, Fàbregas, García Castany, Morata, Arredondo, Juliá I, Masferrer y Chaves.

Del infierno de Preferente a las puertas de Segunda A
En la temporada 1981-82 los problemas económicos eran graves -la deuda global superaba los 15 millones de pesetas y, deportivamente, al equipo le esperaba una temporada llena de obstáculos que acaaó con el descenso a regional preferente. Desde la temporada 1933-34 el Girona no jugaba en regional. Los traspasos de Julià II y Requena al Zaragoza (3.850.000 pesetas) evitaron que los números rojos se dispararan, pero la deuda se acercaba a los 19 millones de pesetas. Por fortuna, el equipo quedó campeón (con Alfons Muñoz de entrenador) y el mal trago de jugar en regional preferente sólo dura un año. Al Girona le esperaban ahora cinco temporadas seguidas en tercera división antes de celebrar otro ascenso, la temporada 1988- 89, en segunda división B (el año de Delfí Geli y con Xavi Agustí de entrenador). Si deportivamente el equipo va creciendo, económicamente el club tiene que hacer equilibrios y parece instalado en una crisis permanente. La municipalización de Montilivi, en 1984, fue un parche. Sólo arregló temporalmente el problema. Dos años más tarde, el club volvía a acumular deudas considerables, pero el equipo, de la mano de Xavi Agustí, parecía ajeno y funcionaba, especialmente en la temporada 1991/92 cuando el tercer lugar en la liga de segunda B le abrió de nuevo, por primera vez en mucho tiempo, las puertas de la segunda A.

El equipo empezó mal la fase de ascenso -derrotas contra el Villarreal (1-2) y el Linense (2-0) - pero se recuperó con tres victorias seguidas -Linense (4-1), Villarreal (2-4) y Salamanca (1-0) - y llegó al último partido en el Helmántico dependiendo de sí mismo para subir. Pero no pudo ser: el Salamanca ganó por 1-0 y quien subió fue el Villarreal. El equipo tipo estaba formado por Soldevila, Planagumà, Sagué, Roteta, Boada, Mercader, Darnés, Raúl, Juli, Corominas y Oliveras. Cuando los jugadores terminaron la promoción, se les debían cinco meses más primas, y la deuda global del club superaba ya los 30 millones de pesetas.

Regeneración y estabilidad
Las temporadas posteriores a la 1991/92 fueron difíciles. En la 1992-93 y en la 1993-94, el equipo evitó por los pelos el descenso, tanto deportivo (15º clasificado las dos temporadas) como burocrático (las deudas a los jugadores se convirtieron en una amenaza real), pero en la 1994-95, el Girona desfalleció ya cuatro jornadas del final ya estaba descendido matemáticamente. Dos temporadas después, el equipo tocó fondo con el segundo descenso de tercera división de su historia: esta vez no fue a preferente, porque hacía unos años que se había creado la 1ª catalana. Con tres entrenadores diferentes (Masferrer, Garcia Castany y Joan Riera) el equipo sólo ganó 6 de los 40 partidos.

La llegada de Pere Saguer a la presidencia (1996-97) frenó la tendencia negativa del Girona, pero había un largo camino por recorrer para sacar el club de la espiral negativa y recuperar, poco a poco, la imagen y la credibilidad. Saguer, que ya había sido presidente la temporada 1967-68, evitó que el déficit creciera. Las posteriores directivas tuvieron un papel complicado y estuvieron en todo momento pendientes de encontrar un equilibrio económico y deportivo que hacía muchos años que el Girona no conseguía. La regeneración económica se convirtió en una prioridad, pero también lo era abandonar el pozo de la 1ª catalana. En la temporada 1999/2000 se recuperó la tercera división, y, con la llegada del nuevo milenio, el club logró el saneamiento prácticamente total y comenzó a mirar nuevos objetivos, mucho más ambiciosos.

El primer gran premio llegó pronto, en la temporada 2002-03, en la que el club recuperó un puesto en la segunda división B después de haber hecho una liguilla de ascenso excelente (cinco victorias y sólo una derrota). Fue el segundo ascenso en cinco temporadas y el retorno a una categoría que se había perdido la campaña 1994/95. La temporada 2003-2004 el club mantuvo la categoría pero en la 2004-2005 volvió a la tercera división, despés de finalizar la temporada en 17ª posición.

De Tercera a la división de plata
La siguiente campaña, con Josep Gusó como presidente, supuso, sin embargo, el inicio de la trayectoria de éxitos que ha llevado al club a la división de plata del fútbol español. Campeones de tercera división, la temporada 2005-2006, se consiguió el ascenso a Segunda B la campaña siguiente. Un año más tarde, en la temporada 2007-2008 llegó el ascenso a la Segunda División A. Pera conseguirlo se superaron dos eliminatorias contra el Barakaldo, primero, y el Ceuta, después, con un estadio de Montilivi lleno a rebosar.

La década prodigiosa
Temporada 2008/2009: Tras una meritoria primera vuelta en la que parecía que se lograría la salvación con tranquilidad, el Girona FC tuvo una inercia peligrosa en la segunda vuelta, y a falta de 5 jornadas para la conclusión de la Liga, con el equipo a 5 puntos del descenso, el entrenador Raúl Agné fue destituido. Javi Salamero tomó el relevó. El club conseguíó la permanencia a falta de tres partidos para el final.
Temporada 2009/2010: narcís Julià substituyó a Cristóbal Parralo como nuevo técnico después de un inicio errático. El Girona sufrió mucho y estuvo a punto de descendir. Un penalti transformado por Kiko Ratón en el minuto 94 de la última jornada ante el Múrcia hizo que los gerundendes salvaran la categoría.
Temporada 2010/2011: El Girona FC acabo en 11a posición de la clasificación, con 57 puntos, llegando a estar diez jornadas sin conocer la derrota.
Temporada 2011/2012: El club ingresó 700.000 euros por la venta de Ranko Despotović al Urawa Red Diamonds japonés. Después de un inicio de liga complicado, la amenaza del descanso volvió sobre Montilivi. Javier Salamero relevó a Josu Uribe y el quipo volvió a aconseguir la permanència a falta de dos jornades para el final.
Temporada 2012/2013: Con el objetivo de aconseguir la permanència, Rubi, hasta entonces segundo entrenador, se hizo cargo del equipo.El Girona inició un magnífico arranque y se puso ya en la segunda jornada en puestos de playoff. Acabó la primera vuelta en segunda posición, con 38 puntos. En la segunda vuelta mantuvo la disputa con AD Alcorcón, Villarreal CF, UD Las Palmas y UD Almería por la segunda plaza. En el playoff de ascenso eliminó al Alcorcón pero en la definitiva eliminatoria cayó ante la UD Almería, que subiría a Primera.
Temporada 2013/2014: El Girona, que acababa de presentar concurso de acreedores, confió el àrea deportiva a Ricardo Rodríguez, que estaría en el banquillo hasta el 18 de diciembre de 2013. Su puesto lo ocupó Javi López. Con él la situación del equipo no mejoró por lo que la directiva, ya con Francesc Rebled de Presidente, en sustitución de Joaquim Boadas, optó por otro cambio de entrenador con la llegada de Pablo Machín. El técnico soriano sí fue el revulsivo esperado y logró llevar al Girona a la permanencia en la última jornada, después de 23 semanas consecutivas en puestos de descenso.
Temporada 2014/2015 . La mejor temporada de la historia reciente del Girona FC. El equipo dirigido por Pablo Machín hizo un año extraordinario, de récord: finalizó con una cifra de puntos estratosférica , 82, y fue el visitante con los mejores números de la Liga Adelante. A pesar de ello se tuvo que jugar el ascenso directo a Primera División en el último partido, disputado en Montilivi, contra el Lugo. Pero el empate a uno ante los gallegos cerró las puertas de este ascenso directo. Finalmente, en el playoff , y contra el Zaragoza en La Romareda , se consiguió un excelente 0 a 3. En la vuelta en Montilivi, los aragoneses remontaron el marcador a un Girona todavía muy afectado anímicamente por el resultado de la última jornada.
Temporada 2015/2016. El Girona jugó de nuevo la promoción de ascenso a la Primera División. En la primera eliminatoria y con el factor campo a favor se enfrentó a doble partido contra el quinto clasificado, el Córdoba CF. Las cosas no empezaron bien para los de Pablo Machín que en la ida en el Arcángel encajaron dos goles en 12 minutos. Un gol antes del descanso dejó abierta la eliminatoria (2-1). Tarde de nervios en la vuelta en Montilivi pues los andaluces empezaron marcando. Dos goles del Girona hicieron que el partido acabara en empate y se tuviera que jugar una prórroga, en la que los gerundenses salieron beneficiados por marcar el tercer gol que les dio el pase a la final (3-1).a final se disputó el 12 de junio de 2016. En la ida en el Sadar la victoria fue para el conjunto local por 2 a 1. La vuelta, tres días más tarde en Montilivi, también fue favorable a Osasuna (0-1) que frenaba de nuevo el sueño del ascenso.
Ascenso histórico
El 4 de junio de 2017 pasará a la historia del Girona como el día que, a punto de cumplir 87 años, el club lograba el ascenso a la Primera división. Tras tres intentos frustrados en los últimos años, Girona contaba con un equipo en la élite del fútbol español. Un hecho histórico.
Los hombres de Pablo Machín, que gozaban de una ventaja de cinco puntos respecto al Getafe, tercer clasificado, tenían suficiente con un empate en el partido decisivo ante el Real Zaragoza para asegurar la segunda posición del campeonato, que daba acceso directo a la Liga Santander. Y así ha fue. Un empate (0-0) que valía un ascenso histórico.

City Football Group y Girona Football Group
El 23 de agosto de 2017, el club fue adquirido a partes iguales por el City Football Group y el Girona Football Group. ​ El City Football Group es propietario del Manchester City FC, el New York City FC, Melbourne City, Montevideo City Torque, Yokohama Marinos, Sichuan Jiuniu FC, Mumbai City FC, Lommel SK i el Estac Troyes AC.

Una de las primeras medidas para afrontar el estreno en la máxima categoría fue la ampliación provisional del estadio con dos gradas suplementarias, una en Gol Norte y otra en Preferente, además de renovar la iluminación del estadio. El primer equipo pasó a entrenarse en el PGA de Caldes de Malavella tras la construcción de dos campos entrenamiento con las medidas exactas de Montilivi; uno de césped natural y el otro de césped híbrido.

Primera etapa en Primera
El Girona FC terminó su primera temporada en LaLiga Santander en décima posición, con 51 puntos, superando en la clasificación a equipos como el RCD Espanyol, El Athletic Club o la Real Sociedad. En el último partido de la primera vuelta consiguió su primera goleada en Primera, 6-0 contra la UD Las Palmas y el primer Hat-Trick en la máxima categoría, conseguido por Michael Olunga el 13 de enero de 2018.

En la temporada 2018-19 el Girona accedió por primera vez a cuartos de final de la Copa del Rey tras los empates contra el Atlético de Madrid 1-1 en casa y 3-3 como visitante. En cuartos de final fue eliminado por el Real Madrid 7-3 en el global de la eliminatoria. En marzo ganó su primera Supercopa de Catalunya al imponerse al FC Barcelona por 0-1 con un gol de Cristhian Stuani. El equipo perdería la categoría al quedar 18º, con 37 puntos al final de la temporada regular, regresando a Segunda división.

Marcelo Claure
En Agosto de 2020, el empresario boliviano-americano Marcelo Claure compró un paquete accionarial del Girona Football Group de Pere Guardiola. Con esta transacción, el City Football Group se convertía en el accionista principal del Club con el 47% de las acciones, Claure tenía el 35% y Girona Football Group el 16%. Claure es también propietario del Club Bolívar, el más importante de sus país.

Regreso a Segunda
En la primera temporada de vuelta a segunda, finalizó en quinta posición, clasificándose para los play-off de ascenso. Consiguió derrotar al Almería CF con 1-0 en casa y 1-2 en campo rival. No obstante, fue eliminado por el Elche CF con 0-0 en la ida y perdiendo en el minuto 96 0-1 en casa.
En la temporada 2020/21, el equipo volvió a meterse en los play-off de ascenso a primera división tras acabar la temporada regular en quinta posición. En las semifinales fue emparejado nuevamente con el Almería CF que ganó 0-2 a domicilio y empató 0-0 en casa. Su cuarta final la jugó contra el Rayo Vallecano, ganado en Vallecas1-2 y perdiendo en casa 0-2, lo que dejó al equipo una temporada más en la división de plata.

Segunda etapa en Primera
El 19 de junio de 2022, el Girona regresó a la primera división (fue sexto en la Liga Smartbank) al eliminar por 0-0 (ida) y 1-3 (vuelta) al CD Tenerife en la final del play-off de ascenso y 0-1 (ida) y 0-2 (vuelta) al SD Eibar en la semifinal de la promoción de ascenso.