El verano del 2014 nace este nuevo club de la ciudad de Estepona, heredero de la desaparecida Unión Estepona CF que ya sustituyó en su día por los mismos problemas económicos al CD Estepona, por tanto nace el tercer gran proyecto futbolístico en la ciudad de la Costa del Sol con la creación del CD Estepona Fútbol Senior empezando a competir esa misma temporada 2014/2015, consiguiendo el campeonato en la categoría más modesta del fútbol provincial y ascendiendo a la Segunda Andaluza también con equipos de la provincia de Málaga.
Tras esta primera experiencia en el grupo de la provincia de Málaga se vuelve a repetir gesta sumando la consecución de un nuevo campeonato y se obra el campeonato que da el ascenso a la categoría autonómica de División de Honor.
En la temporada 2016/17 debuta al igual que el resto de equipos inscritos en la primera temporada de esta nueva categoría siendo la antesala del grupo noveno de la tercera División, siendo muy discreta la campaña y terminando en la zona media de la clasificación. En la temporada 2017/18 concluye la competición en mitad de la tabla, mientras que en la temporada 2018/19 consigue un meritorio séptima posición. Siendo para la temporada 2019/20 dónde tras conseguir una tercera plaza que da derecho por vacante a promocionar de categoría consiga el ansiado ascenso a categoría nacional volviendo la ciudad a 3ª División.
El reto en la categoría duraría una única temporada al descender estrepitosamente cayendo en la última jornada en su feudo ante el Real Jaén CF (0-1) y no acompañar los resultados producidos en otros estadios para obrar el milagro de la ansiada permanencia de categoría en una temporada marcada por los contratiempos del covid-19.