Desde el año 1947 contaba la ciudad malagueña de Marbella con un club de fútbol a nivel federado, el Club Deportivo Marbella, cuyos orígenes se remontan a 1942 y que tras su desaparición por problemas económicos en 1959 deja paso al Club Atlético de Marbella, que a lo largo de las décadas fue creciendo y llegó a militar dieciocho temporadas en Tercera División, seis en Segunda División B y teniendo una época de máximo esplendor en los primeros años noventa con la estancia durante cuatro temporadas consecutivas en Segunda División A, desde la campaña 92/93 a la 95/96. Durante su estancia en la categoria de plata, el club se transforma en Sociedad Anónima Deportiva el 30 de diciembre de 1993, con un capital accionarial de 115 millones de pesetas, pasando a ser desde entonces Club Atlético de Marbella, S.A.D.

Una mala gestión deportiva unida a un gasto desorbitado hicieron que el club tuviese grandes deudas en el verano de 1996 descendiendo de categoría al quedar último clasificado con tan sólo 21 puntos. Durante la temporada 96/97, última de su existencia, interviene en Segunda División B, perdiendo la categoría tras volver a terminar como colista y siendo descendido por la RFEF administrativamente el 1 de agosto a Regional Preferente por impago a jugadores, hasta que finalmente desaparecía abandonado a su suerte y con una elevada deuda que lo hace inviable en esta categoría.

Su sustituto, la Unión Deportiva Marbella, se funda en agosto del año 1997 por Antonio José Pérez Ramos, conocido farmacéutico comprometido con el deporte de la localidad, en respuesta a las necesidades de tener un club representativo en la ciudad malagueña. Para ello une los rescoldos deportivos del extinguido Club Atlético de Marbella con las canteras de otros dos clubs locales ya existentes, la Unión Atlético Marbella -fundado en 1986- y el C.D. Cultural -fundado en 1978-, pasando juveniles y cadetes a integrar el nuevo club. El club se inscribe el 30 de enero de 1998 en el Registro de Entidades Deportivas de la Junta de Andalucía como U.D. Marbella y San Pedro Alcántara, aunque se federa con el número de la antigua U.D. Marbella -fundada en 1972 con el nombre de U.D. Marbesula hasta 1980- ocupando su plaza en Regional Preferente.

De esta modo, la nueva entidad empieza su camino deportivo en Regional Preferente durante la temporada 97/98, ocupando la plaza del desaparecido Club Atlético de Marbella y ascendiendo a Tercera División al final de la misma. En sus estreno en Tercera División de la temporada 98/99 queda sexto con Paco Medina en el banquillo marbellí, demostrando que en un futuro próximo el club va a luchar por objetivos más ambiciosos. En su intento de la campaña 99/00 no es capaz de clasificarse tan siquiera para la Promoción, pues queda un tanto alejado al ser octavo clasificado.

2000 – 2010
La meta que se traza el conjunto marbellí es el ascenso a Segunda División B y para ello confecciona una serie de plantillas con este fin, resultando frustrantes las primeras tentativas. En la campaña 00/01 se refuerza con nuevas incorporaciones con José Luis Burgueña Arroyo, y al final de la misma se proclama por primera vez Campeón del Grupo IX con un punto de ventaja sobre sus perseguidores. En la Promoción de Ascenso es favorito, pero un brillante torneo del Real Betis Balompié “B” le impide ascender. Los otros dos contendientes para el ascenso serán U.B. Conquense y U.P. Plasencia. En la sesión 01/02 es sexto en un campeonato en el que pierde demasiados partidos además del tren de la Promoción. Será en la temporada 02/03 cuando por fin logre su objetivo tras ser segundo en la Liga y liderar su grupo de clasificación. En esta fase no pierde encuentro alguno, ganando cuatro y empatando los dos restantes, superando a C.D. Alcalá, C.D. Guadalajara y A.D. Cerro de Reyes Atlético.

El debut en Segunda División B se produce en la temporada 03/04 dentro del grupo IV, realizando una competición en la que finaliza decimoquinto a seis holgados puntos del Real Betis Balompié “B” (que ha de disputar la Promoción de Permanencia), alejado de las plazas de ascenso en la que es la cuarta y última campaña de Burgueña al frente del equipo costasoleño. La temporada 04/05 con Antonio Gutiérrez Cuadrado al timón es la mejor campaña realizada hasta la fecha, pues en ella queda quinto al mostrarse bastante fuerte en casa y conseguir numerosos puntos fuera de ella, en la que pierde fuerzas en el tramo final de Liga y queda a dos puntos del Lorca Deportiva C.F., que finalmente ascendería a la categoría de plata. En la campaña 05/06 no conjunta una buena plantilla y se ve desplazado hasta posiciones más lejanas, concretamente la duodécima, resultando mucho mejor la siguiente 06/07 en la que integra algunos refuerzos de garantía y enmienda la anterior al conseguir una meritoria séptima posición con el gijonés Juan Ramón López Muñiz como entrenador.

La edición 07/08 resulta frustrante pues durante el torneo el equipo ocupa puestos rezagados que hacen temer a su afición por un posible descenso. El técnico Antolín Gonzalo es sustituido por el ex jugador Oliveiro Jesús Álvarez González “Oli”, consiguiéndose esquivar las últimas plazas afortunadamente para los marbelleros. Después del susto, en la campaña 08/09 con el segoviano José Luis Montes al frente del banquillo se refuerza la plantilla y radicalmente se cambia de signo, ocupándose una meritoria cuarta plaza que le alcanza para promocionar a Segunda División A. En esta fase eliminatoria carece de fortuna y pierde 0-2 en casa ante el Lorca Deportiva C.F., consiguiendo vencer en tierras murcianas por 0-1 con lo cual no accede a la siguiente ronda. Sin embargo, el esfuerzo económico realizado para traer jugadores de calidad deviene en una crisis institucional por retrasos en los pagos de las nóminas de la plantilla y cuerpo técnico. Tras doce años al frente del club, Antonio Pérez Ramos deja paso el 17 de junio de 2009 al empresario inmobiliario Rafael González-Cobos Bautista como presidente de la entidad costasoleña. Consciente de sus limitaciones presupuestarias, la U.D. Marbella ficha a consecuencia y configura para la sesión 09/10 una plantilla ajustada con el ánimo a priori de conservar su plaza, objetivo que no se ve refrendado al no dar los resultados esperados y finalizar el equipo decimonoveno tras hacerse cargo del equipo en febrero el madrileño Alfredo Santaelena, terminando muy descolgado en la tabla clasificatoria. Este puesto acarrea la pérdida de la categoría además de cerrar un ciclo de siete temporadas consecutivas instalados en la división de bronce.

2010 – 2020
El regreso a Tercera se espera complicado, y finalmente termina la campaña 10/11 noveno clasificado en la zona media de la tabla. La siguiente 11/12 se refuerza a conciencia y con el técnico malagueño Adrián Cervera son terceros, disputando la Promoción de Ascenso. En la primera eliminatoria superan al C.D. Mairena: cayendo en la ida por 3-1 y venciendo 2-0 en la ciudad marbellí; y siendo eliminado en la siguiente ronda a manos del Real Madrid C.F. “C”: derrota en casa por 1-2 y de nuevo perdiendo 2-0 en la Ciudad Deportiva de Valdebebas. La sesión 12/13 no será más propicia que las anteriores, y los costasoleños serán decimoprimeros. En el mes de febrero desembarcan en el club inversores de orígen ruso haciéndose cargo de las deudas pendientes con plantilla y cuerpo técnico, las cuales ascendían a 24.500 euros, siendo elegido presidente Alexander Grinberg. El 28 de junio de 2013 se hace oficial el cambio de nombre a Marbella Fútbol Club, en un intento de internacionalizar al club y conseguir incrementar el número de socios.
El equipo se encuentra asentado en la categoría del bronce del fútbol nacional disputando varias ediciones de la Copa del Rey así como la pasada temporada 2017/18 estuvo disputando hasta la última jornada el campeonato del grupo pero finalmente logró el subcampeonato lo que le permitió disputar el play offs de ascenso al fútbol profesional pero la suerte le fue esquiva desde los puntos de penaltis tras igualar el resultado de la ida ante el filial del RC Celta lo que hizo ver un gran aspecto de aficionados marbellís en el estadio Municipal.

Desde el 16 de octubre de 2018, Zhao Zhen pasa a ser el presidente del Marbella FC tras la compra de las acciones de Alexander Grinberg siendo una gran debacle el doble descenso sufrido en el curso 2020/21 que lo lleva nuevamente a la última categoría del fútbol nacional y dónde al no disponer de estadio propio por su estado ruinoso disputa sus encuentros en Marbella Football Center.