Durante los años cincuenta y primeros sesenta el CD Miraflores es la gran referencia para todos los aficionados, compitiendo a nivel federado en los distintos campeonatos de la Federación Andaluza donde emplea indistintamente el Campo de Segalerva, en pleno centro malacitano, como el Campo de San Ignacio, el gran feudo paleño. A finales de 1964 el CD Miraflores entra lamentablemente en decadencia no teniendo continuidad su proyecto deportivo en lo sucesivo, creándose un enorme hueco que será sustituido por un club que será determinante en el futuro del barrio: El Palo Club de Fútbol.

Dicha sociedad, constituida el 10 de marzo de 1965 y que viste inicialmente camisa partida a dos mitades blanca y azul con pantalón azul, debuta en Categoría Provincial durante la campaña 65/66 empleando el Campo de Segalerva y quedando presidida por Francisco Rosa Molina, persona quien se convertirá en una gran figura para el fútbol paleño y malacitano en el futuro. El Palo C.F. tiene su base en el Colegio I.C.E.T. y, con algunos retoques de mayor edad, no es sino la versión senior del juvenil C.D. I.C.E.T., de ahí que algunas voces adelanten su fundación a 1952. A finales de década adquiere como colores oficiales los rojiblancos a rayas para la camiseta y el rojo para el pantalón, accediendo a la presidencia Antonio Medina Guerrero quien la ocupa brevemente para cederla nuevamente a Francisco Rosa Molina, consolidándose con ambos su presencia en Primera Regional.

A finales de los años sesenta el fútbol paleño acrecienta su implantación dentro de la ciudad, materializándose ya en 1970 la creación de un filial, el Club Atlético Paleño, conjunto presidido por José Paterna Gallego que se estrena en Segunda Regional, mientras Antonio Pérez Gascón-Cobos toma la presidencia de El Palo C.F y se mantendrá en este cargo durante toda la década. La estructura de la sociedad mejora durante estos años y, en realidad, se configura una escuela futbolística que tiene cabida para alojar a una gran cantidad de niños y jóvenes que, de mayores, alcanzarán protagonismo en otros clubs.

En 1972 el fútbol adquiere otra dimensión gracias a la intervención de Francisco Rosa Molina, el “alma mater” de los malagueños, formándose un ambicioso pero a la vez humilde proyecto que culmina el 26 de septiembre con varios clubs que giran bajo la órbita del Centro de Deportes El Palo. De esta forma el anteriormente conocido como El Palo C.F. pasa a denominarse Centro de Deportes El Palo jugando en Primera Regional, el Club Atlético Paleño lo hace en Segunda Regional y un tercer conjunto, el C.D. Juventud Paleña, presidido por Miguel Rodríguez Vida, lo hace en Tercera Regional.

En lo sucesivo las expectativas iniciales tomarán otros cauces y en lo que resta de década el Centro de Deportes El Palo se muestra incapaz de ascender a Regional Preferente, manteniéndose plácidamente en Primera Regional mientras sus filiales van desapareciendo a nivel federado, motivo por el cual centra sus esfuerzos en las categorías inferiores donde se formarán muchos talentos. Antes de la finalización del decenio adopta como colores el blanco para la camisa y el azul para el pantalón.

La humildad dentro del club malagueño es su nota más predominante y, pese a tener sus opciones de crecer dentro del panorama regional, la década de los años ochenta contempla a una sociedad que se desenvuelve perfectamente en Regional Preferente. En la temporada 81/82 compite en el grupo malagueño de Primera Andaluza “A”, la equivalente a Regional Preferente, proclamándose Campeón con veintidós victorias y cuatro empates, puesto que le permite promocionar para ascender a Tercera División disputando una Fase donde es subcampeón tras el Atlético Macael C.F. consiguiendo el objetivo. El estreno en Categoría Nacional durante la campaña 82/83, con Francisco Rosa Molina al frente, pese a la ilusión con la que se acomete resulta un gran revés para el conjunto malagueño puesto que son decimonovenos con cuatro victorias y siete empates, sumando tan solo quince puntos que les alejan de cualquier opción de mantenerse en Tercera División.

En las ediciones siguientes la Regional Preferente se convierte en su verdadero techo deportivo, siendo cuarto en la campaña 83/84, séptimo en la 84/85 y sexto en la 85/86 durante unos años donde la presidencia es ostentada por Juan Romero Godoy. En la edición 87/88 realiza un gran torneo donde alcanza veinticuatro victorias y siete empates con tres derrotas, quedando Campeón de su grupo y accediendo a una Promoción donde existen hasta cuatro grupos con cuatro clubs cada uno. Los paleños lideran el suyo y consiguen el ascenso a Tercera División eliminando a U.D. Maracena, Baeza C.F. y U.D. Santa María del Águila.

El campeonato 88/89 es su segunda prueba en Categoría Nacional y dentro del Grupo IX consigue la permanencia con un holgado duodécimo puesto sin pasar por excesivos problemas, logro que no se repite en la siguiente temporada 89/90 cuando concluye vigésimo y colista con cinco victorias y ocho empates, un balance muy escaso que le condena al descenso.

La década de los años noventa es, hasta el momento, la más estable sin duda de la historia del Centro de Deportes El Palo. Durante todo este tiempo milita en el grupo malagueño de Regional Preferente si pasar demasiados apuros a excepción de la campaña inicial 90/91 donde es decimocuarto y, en consonancia a un complicado sistema competitivo, ha de solventar su continuidad mediante una Promoción que le es positiva. A partir de ahí predomina la tranquilidad más absoluta siendo quinto en la temporada 91/92 y logrando el noveno puesto de forma repetitiva en las campañas 92/93 y 93/94.

Tras ser sexto en la edición 94/95, lo más destacado es el tercer puesto de la sesión 96/97, siendo quinto en las temporadas 97/98 y 98/99 sin opciones reales, en ninguna de ellas, de poder aspirar al ascenso de categoría. En el aspecto positivo destaca la forja de muchos chavales que, con el paso de los años, terminarán nutriendo a sociedades de superior categoría incluso algunos de ellos triunfando en categoría profesional.

La primera década del nuevo siglo va a ser dura para los paleños y poco a poco retrocederán deportivamente dentro de la Regional andaluza. Después de un discreto undécimo puesto en Regional Preferente durante la temporada 00/01 son decimosextos en la 01/02, cayendo a una Primera Regional que es un auténtico pozo máxime cuando en 2004 la Federación Andaluza crea una nueva categoría a caballo entre Tercera División y Regional Preferente, la denominada Primera Andaluza.

En la edición 03/04 es subcampeón de su grupo en Primera Regional, consiguiendo el ascenso a una Regional Preferente que se convierte en el sexto nivel nacional. En esta categoría se mantendrá durante cuatro temporadas consecutivas yendo de menos a más, siendo décimo en la 04/05, quinto en la 05/06, cuarto en la sesión 06/07 y Campeón en la 07/08. El Centro de Deportes El Palo consigue en este tiempo crecer deportivamente y desde su reducido Campo de San Ignacio, un feudo con superficie de albero, cuenta con una nutrida escuela de futbolistas que se reparten en varios equipos distribuidos en varias categorías por edad cronológica. La idea es ascender a Tercera División y convertirse tras el Málaga C.F. en el segundo club de la ciudad.

Con esta mentalidad se afronta la campaña 08/09 dentro de la Primera Andaluza, categoría donde se estrena cosechando un brillante subcampeonato tras el Atlético Mancha Real, aunque el ascenso directo es para los jiennenses. Sin embargo tiene una gran oportunidad en la Promoción, superando al C.D. Huétor Tájar por 3-0 en casa mientras es derrotado en la localidad granadina por 4-2, resultado que le permite ascender a Tercera División. Los malagueños vienen embalados y su reestreno en el cuarto nivel durante la temporada 09/10 es triunfal consiguiendo ser terceros en Liga tras los pasos de Atlético Mancha Real y Motril C.F., una plaza que le permite por primera vez en su historia entrar en la Promoción para tratar de acceder a Segunda División B, una categoría en la cual ni pensaban apenas unos años antes. En esta Fase no tienen excesiva fortuna y se enfrentan en Cuartos de Final a la S.D. Amorebieta, potente club vizcaíno que los elimina al derrotarles 3-0 en la ida siendo insuficiente la victoria por 2-1 en casa.

El cambio de miras de los paleños es notable tras los resultados conseguidos en las últimas campañas y contando con cierto peso dentro del fútbol malagueño se obtiene un compromiso con el ayuntamiento para remodelar profundamente las instalaciones del Campo de San Ignacio. Tras acometerse las obras pertinentes, este recinto sufre una gran transformación, erigiéndose una tribuna con techo, nuevos vestuarios, campos para la práctica de fútbol siete además de la colocación de césped artificial, pasos que lo convierten en un recinto modélico y funcional. Su estreno será el 3 de junio de 2011 cuando la temporada 10/11 esté llegando a su fin y su primera plantilla haya ocupado en Liga un discreto decimocuarto puesto.

El conjunto que preside Juan Romero Godoy, dentro de una nueva etapa, finaliza en noveno puesto una vez concluida la campaña 11/12, preparándose para lo que va a llegar en la siguiente edición 12/13. En este torneo los blanquiazules confeccionan una gran plantilla que bajo las órdenes del técnico argentino Pablo Guede se encarama en la parte noble en sus primeros compases. Sin embargo, la enfermedad del padre le obliga a regresar a su país natal, ocupándose Daniel Pérez durante el resto de las jornadas. En un apretado grupo el Centro Deportivo El Palo consigue el primer puesto, su primer título en la categoría desde su constitución, pasando a unas eliminatorias por el ascenso donde se encontrará a duros rivales. En la Eliminatoria de Campeones quedan apeados por el Burgos C.F. después de empatar 0-0 en casa y caer en los últimos instantes por 3-2 en la capital castellana. Pese a ello continúan vivos y en Semifinales eliminan al F.C. Jumilla; 1-2 en la localidad murciana y 5-1 en casa, accediendo a una Final donde se topan con el R.C.D. de La Coruña B que es favorito. Después de perder 4-2 en la ida, la fortuna se alía con ellos y consiguen un 2-0 en el Nuevo San Ignacio que les catapulta a Segunda División B.

El día 4 de junio del año 2019 pasó de llamarse: "Centro de deportes El Palo", a su nombre actual: "El Palo Fútbol Club". También se cambió su escudo, siendo así la segunda vez en su historia que el club "Paleño" cambia su escudo.