Ful Antequera C.F. se fundó el 19 de junio de 1992, durante la última asamblea ordinaria del CD Antequerano en el que dos candidaturas totalmente opuestas iban a dirimir el futuro del primer equipo de fútbol en la ciudad de Antequera.
El club de nueva creación, llamado Antequera Club de Fútbol, presentó en la Dirección General de Deportes de la Junta de Andalucía sus nuevos estatutos el día 24 de julio de 1992, los cuales quedaron confirmados y validados el 14 de septiembre de ese mismo año.
El primer presidente en la historia del Antequera C.F. sería don Rafael López de la Torre y el primer entrenador del club José María Andrade, un histórico del fútbol base malagueño.
El club bajo las órdenes de José María Andrade consiguió la segunda plaza en la temporada en la liga, lo que le dio la posibilidad de jugar el playoff de ascenso a Tercera División, encuadrados en el grupo con el Bailén Armilla y el Garrucha.

El Antequera no hizo una buena fase de clasificación acabando en tercer lugar, pero finalmente pudo jugar una repesca debido a que algunos equipos de Tercera División habían ascendido a Segunda B, en la cual el equipo regresaría en tan solo una a la Tercera División.
Las once temporadas siguientes, el Antequera se mantuvo en categoría nacional, de las cuales en solo una de ellas optó por entrar en los puestos que daban la opción de jugar los playoffs de ascenso. Sería en la temporada 2001/02, con Paco Medina en el banquillo, pero en el último tramo de liga el equipo no pudo mantener el ritmo con los otros equipos y cayó relegado hasta el 7º puesto liguero.

DESCENSO A PRIMERA ANDALUZA
Tras el descenso de categoría la campaña anterior, la directiva realizó un gran esfuerzo por recuperar la categoría nacional en el menor tiempo posible, y el equipo firmó dos campañas extraordinarias en categoría andaluza.
En la segunda temporada el equipo consiguió el preciado ascenso en la eliminatoria a doble partido ante el Adra, al remontar un 3-2 en el partido de vuelta en el Maulí ganando por 3-1 con goles de Ruiz, Morante y Pineda.
Juan Carlos Tello llevó al equipo a lo más alto tras quedar segundo en liga detrás del Roquetas, lo que daba al equipo la opción de jugar las eliminatorias de ascenso.

Narón y Caravaca fueron los rivales a batir de cara a un histórico ascenso al fútbol de bronce español.
DESCENSO DE CATEGORÍA
Tan solo una temporada consiguió permanecer el equipo en Segunda División B, debido al mal juego del equipo, que tuvo una opción de salvarse en la úúltima jornada si conseguía la victoria en Granada ante el CP Granada 74, donde una derrota por la mínima mandó al Antequera al playoff por la permanencia, no estando a la altura ante un Terrassa que certificaría el descenso blanquiverde.

PERIODO DE INCERTIDUMBRE
Tras el descenso de categoría, el equipo perdió el rumbo en lo deportivo y en lo institucional, cosechando otro descenso de categoría a Primera Andaluza en la temporada 2011/12.

Una campaña más tarde, el conjunto antequerano volvería a Tercera División con Vicente Ortiz al frente del equipo y jugadores como Juan López, Hugo, Gallego, Fran y Jorge Barba capitaneando el joven proyecto.

LLEGADA DE AYBAR AL CLUB
La llegada de José Jesús Aybar al Antequera CF a principios de la temporada 15/16 marca un antes y un después en la historia reciente del club. Una atractiva propuesta futbolística lleva al equipo a clasificarse al playoff de ascenso a Segunda División B hasta en 6 ocasiones, no consiguiendo el ascenso a dicha categoría hasta 2021.

DOBLE ASCENSO EN TRES TEMPORADAS
Temporada 2020/21 | Ascenso a 2ª RFEF

Tras finalizar la segunda fase de una competición disputada en extraordinarias circunstancias tras la llegada del COVID, la escuadra dirigida por Aybar firmó una 4ª posición, que dio acceso a dos decisivos encuentros playoff disputados en Antequera.
La semifinal acabó con 0-0 que hizo valer el factor clasificatorio ante el Almería B, alcanzado una añorada y ansiada final ante el Atlético Malagueño, decidida por Crespo en el minuto 116 de la prórroga, confirmando el ascenso de categoría.
La segunda temporada del equipo en 2ª RFEF estuvo protagonizada por Abel Segovia, entrenador que llegó procedente de Patriotas Boyacá, escribiendo una página con letras de oro en la historia del club blanquiverde. Desde la cuarta jornada, el Antequera CF lideraba la tabla del grupo IV, sin apearse de dicha posición hasta el final de liga, en un año en el que consiguió sellar el ascenso el 15 de abril, con más de un mes de antelación al final de la competición.

La vuelta de Luis Alcalde, capitán y seña de identidad del club, llevó en volandas a un equipo que consiguió ilusionar muchos años después a la afición de la Ciudad del Torcal.