La historia futbolística de Azuaga se remonta a marzo de 1921, cuando se crea el Racing Club Arsense de Azuaga.
El 24 de Marzo de 1933 se constituye el Azuaga F.C. que jugaba en el recinto conocido como Cerca de los Patos y cuyos colores eran camiseta blanca y azul y pantalón negro.
En febrero de 1934 se crea el Sporting Club Sociedad Deportiva de Azuaga. En la temporada 1934/35 la S.D. Azuaga consigue el Campeonato Amateur de Extremadura, por lo que en 1935, esta S.D. Azuaga, en representación de la Federación Oeste(Sur)-Extremeña, fue uno de los 12 equipos que disputó el VI Campeonato Nacional Amateur de España.
En 1952 se crea la Unión Deportiva Azuaga, que en la temporada 1953/54 se integra en la recién creada Regional Preferente Extremeña y, aunque ocupa el último lugar en la tabla clasificatoria, aprovecha la renuncia de otros equipos para ascender a Tercera División.
En 1954 la U.D. Azuaga, con camiseta roja y pantalón azul, jugando en el campo de San Francisco (El Ejido), inicia un periodo de tres años en la Tercera División, retirándose el 10/02/1957 a mitad de competición.
El 6 de Julio de 1972 se constituye el C.D. Azuaga y en 1975, tras la construcción del Estadio Municipal de Deportes, el C.D. Azuaga, ya con la indumentaria que llega hasta nuestros días de camiseta roja y blanca y pantalón negro, debuta en la 1ª Regional Extremeña obteniendo el subcampeonato y el ascenso a Regional Preferente.
En 1983, aprovecha una reestructuración de la 3ª División para ascender a la misma, militando en esta categoría durante 5 años, desde la temporada 1983-84 hasta la temporada 1987-88 en que desciende por primera vez en su historia a Regional Preferente.
Dos temporadas después, en la 1989-90 consigue por primera vez el Campeonato de Regional Preferente y por derecho propio asciende a Tercera División, donde se mantiene durante 6 años, hasta que desciende en la temporada 1995/96 y además desaparece de las competiciones oficiales.
En la temporada 1998/99 vuelve el C.D. Azuaga, integrándose en la 1ª Regional Extremeña, obteniendo el ascenso a Regional Preferente, hasta que desciende en la temporada 2000/01.
En la temporada 2001/02 obtiene el Campeonato de 1º Regional de Extremadura y vuelve a ascender a la Regional Preferente, en la que se mantiene durante dos años hasta la temporada 2003/04, en que desaparece.
Tras tres años de ausencia, el C.D. Azuaga vuelve a competición oficial en la temporada 2007/08 en la 1ª Regional Extremeña, consiguiendo en la temporada 2009/10 el ascenso a Regional Preferente y en la temporada 2012/13 el ascenso a Tercera División, en la que milita actualmente en el Grupo XIV.
El actual C.D. Azuaga ha militado, con esta temporada, 13 años en la Tercera División. A lo largo de su historia se han obtenido cinco ascensos, en la temporadas 1975/76 (a Regional Preferente), 1982/83 (a Tercera División), 1989/90 (a Tercera División), 1998/99 (a Regional Preferente), 2001/02 (a Regional Preferente), 2009/10 (a Regional Preferente) y 2012/13 a Tercera División.. También ha descendido el C.D. Azuaga en tres ocasiones en las temporadas 1987/88 y 1995/96 (de Tercera División a Regional Preferente) y en la temporada 2000/01 (de Regional Preferente a Primera Regional).
Igualmente ha sido dos veces campeón de su categoría: en la temporada 1989/90 (de Regional Preferente) y la temporada 2001/02 (de Primera Regional). Desgraciadamente ha desaparecido en dos ocasiones: 1996 y 2004.