El Club Natació Sabadell fue fundado el 16 de enero de 1916 por Joan Valls y Vidal, que lo contstruyo mediante unos pasadizos intrincados y sobre unos terrenos, que según una antigua leyenda entierra un gran tesoro. La primera sede social fue el bar Imperial de la Rambla de Sabadell, actualmente ubicada en el número 13 de la calle Tres Creus.

El Waterpolo nació casi paralelamente a la fundación de la entidad, ya que se tienen datos del primer partido entre el CN Barcelona y el CN Atlètic el día 22 de agosto de 1915 en el primer festival de natación que se disputó en la "Bassa de Ca la Paula" (Molí de les Tres Creus) en Sabadell oriental.

En el año 1918, el club construyó la que sería la primera piscina de agua salada de España, situada en la calle Lacy de la ciudad, y que se inauguró el 23 de junio. Esta sería la piscina utilizada por la selección española de natación de cara a los Juegos Olímpicos de 1920. En aquella época algunos de los nombres históricos del Club eran: Ausió, Casarramona, Girbau, Genescà, Torres, Marsal entre otros muchos. Algunas de estas familias abrieron establecimientos en las cercanías del club, aprovechando el auge de la región debido a la gran afluencia de gente ligada al deporte.
A partir de entonces el club no paró de crecer y en 1959 inauguró la piscina cubierta que actualmente todavía está en funcionamiento en la sede de Montcada. Actualmente, solo se utiliza en competiciones infantiles o para uso libre de los socios inscritos.

En 2001, el club inauguró las nuevas instalaciones de Can Llong. En una primera fase se construyó una piscina de 50x25 m, una de waterpolo de 33x25 m, un piscina lúdica (Aiguajoc) y un gimnasio. En una segunda fase se ha construido otra piscina de 50x25 m con una pequeña piscina lúdica inauguradas en julio de 2010. Actualmente se està construyendo un edificio de servicios, un nuevo gimnasio y, en el exterior se construiran distintas pistas polideportivas. Debido a problemas en la financiación, las obras se han visto retrasadas varias veces.
Muchos han estado los hitos destacados a nivel deportivo durante su historia. Uno de estos hitos es el del Waterpolo femenino que empieza a practicarse en España en 1980, y lo hace por primera vez en las instalaciones del CN Sabadell. Consigue una medalla de bronce en los JJOO de Londres 2012, donde más de la mitad de las jugadoras de la selección española pertenecen al club Saballut.

El Club Natació Sabadell ha organizado múltiples competiciones deportivas a lo largo de su historia, entre las que destacan el Campeonato de España de Waterpolo de 1952, partidos de waterpolo de la Fase Previa del Campeonato de Europa de Natación de Barcelona 1970, la Copa de Europa de Natación de 1989 y la Final Four de la copa de Europa femenina de waterpolo de 2011.

El CN Sabadell ha dado grandes waterpolistas a la selección española que han participado en los Juegos Olímpicos y los españoles se han quedado las medallas que ha hecho Cataluña. Muchos deportistas de renombre han formado parte de la entidad, como los nadadores Santiago Esteva Escoda, Martín López Zubero, David Meca, Nina Zhivanevskaia, Lourdes Becerra, Mireia Belmonte, Olaf Wildeboer, Aschwin Wildeboer‎ y los waterpolistas Joan Serra, Pere Masip, Miquel Torres, Vicenç Brugat, Salvador Franch, Sergi Pedrerol y Dani Ballart.