Los orígenes del fútbol sala en la ciudad de El Ejido se remontan al año 1987 cuando, gracias al patrocinio y dedicación de la Cooperativa Frusol, una empresa agrícola fundada el 19 de octubre de 1985, se constituye el C.D. Cooperativa Frusol, club que desarrollará su actividad en un almacén ubicado en el interior de sus instalaciones. Inscrito en la Federación Española de Fútbol Sala y siendo miembro de la Asociación de Fútbol Sala, el equipo del Poniente almeriense adquirirá un nivel notable que le lleva a disputar la Copa de España de la temporada 88/89, paso tras el cual adquiere cierto prestigio y, con la colaboración de más interesados, adquiere en agosto de 1989 el nombre de El Ejido Fútbol Sala.

No sólo se trata de un club histórico en Andalucía, sino también en España, llegando a participar dos temporadas en la División de Honor (Primera División). Actualmente compite en el Grupo 5 de Segunda División B, tercera categoría de este deporte en España y hasta 2011 llamada Primera Nacional "A".

Entre 2010 y 2012 podía presumir de ser el único club de Andalucía representado en tres categorías nacionales, puesto que su filial (CD El Ejido FS 'B' ) compite en el Grupo 18 de Tercera División, (cuarta categoría, anteriormente llamada Primera Nacional "B") y el equipo Juvenil militaba en el Grupo Sur (Andalucía, Ceuta y Melilla) de Liga Nacional, la división más alta de España en la competición de juveniles, pero en la actual temporada y debido a la actual coyuntura económica, el Juvenil competirá una división más abajo, en Liga Provincial.

En agosto de 2012, la entidad volvió a refundarse, ahora como Club Deportivo El Ejido, que ha servido para aunar el proyecto del club consolidado que era en fútbol sala y el proyecto de un nuevo club en la modalidad de fútbol. De este modo, el CD El Ejido sigue siendo un referente andaluz en fútbol sala, además de haberse convertido en el heredero del mítico Polideportivo Ejido en fútbol. No obstante y dado que las inscripciones a las distintas competiciones se realizaron antes de establecerse la refundación, oficial y federativamente siguió inscrito en la temporada 2012/2013 como El Ejido Fútbol Sala, tanto en dicho deporte como en fútbol.

En Junio de 2013, se fusiona con el Club Polideportivo Berja, que desaparece como club, integrando toda su estructura en el C.D. El Ejido, que a su vez cambia su nombre por Club Deportivo El Ejido 2012. El equipo senior de esta forma recupera una categoría, pasando de Regional Preferente a Primera Andaluza gracias a esta operación.

En Octubre de 2021, mediante modificación de sus estatutos, cambia su denominación en el Registro Andaluz de Entidades Deportivas por "CLUB DEPORTIVO POLIDEPORTIVO EL EJIDO 1969", atendiendo a la petición histórica de sus aficionados.

En Septiembre de 2024, recupera el histórico escudo del Club Polideportivo El Ejido.