Refundado en el año 2006 sobre el extinguido CD Villacarrillo es a partir del año 2008, coincidiendo con la llegada a la presidencia del presidente villacarrillense Francisco José Martínez el cual estuvo en la presidencia durante 12 años, coincidiendo la etapa más laureada del actual club celeste:

Temporada 2008-9 Campeón del Grupo 2 de Primera Provincial y ascenso a Regional Preferente
Temporada 2009-10 Campeón del grupo jiennense de la Regional Preferente y ascenso a Primera División Andaluza
Temporada 2011-12 Campeón de Primera División Andaluza, y ascenso por primera vez en su historia a 3ªDivisión, donde permanecerá 3 temporadas consecutivas, hasta que en la 2014-15 desciende a Primera División Andaluza
Temporada 2015-16, ascenso a la recién creada categoría de División de Honor
Temporada 2016-17, Nuevo ascenso a 3ª División
En definitiva cinco ascensos en 9 temporadas, que han conseguido que el Villacarrillo CF, se haya convertido en una verdadera referencia del fútbol autonómico, siendo uno de los equipos de municipios más pequeños, actualmente en categoría Nacional.

Posteriormente Octavio Medel cogió las riendas del club pero por un tema de discrepancias abandona el mandato tras solo tres meses al no reconducir la situación en el club, dimitiendo de su cargo que propició que este gerundense de agente de futbolistas como profesión abandone la disciplina y que una comisión gestora terminase el curso deportivo en una convulsa temporada 2019/20 en la División de Honor.

En la temporada 2021/22 con una renovada junta directiva local que decidieron apostar por el técnico jienense TONY García consiguieron un méritorio quinto puesto clásficando al equipo para la Copa Andaluza y dando continuidad al proyecto en el curso venidero aunque sin obtener tanto logro quedando el equipo en mitad de la tabla clasificatoria.

En la temporada 2022/23 el equipo desciende en la última jornada a la categoría provincial sumando un varapalo para el fútbol jienense dónde los equipos de la provincia copan los últimos puestos clasificados ante el poderío de los conjuntos malagueños y granadinos.

En el curso 2023/24 el equipo manda en la clasificación desde las primeras jornadas sin ofrecer opción al resto de equipos con miras al ascenos y en la final por el play offs de ascenso se impone en el estadio de la Juventud de Mancha Real al segundo clasificado el Begijar CF por un contudente 3-0 retornando al equipo a la categoría autonomíca y siendo el único representante de la provincia de Jaén para la campaña 2024/25.