En 1996 se funda la Asociación Deportiva Santa Ana. Los escalafones inferiores del fútbol en Linares encontraron en la Asociación Deportiva Santa Ana, un lugar donde poder formar jóvenes talentos y jugar más allá de las competiciones municipales, algo que en muchas ciudades sólo estaba reservado a los equipos filiales. Inicios Gabriel Garrido ha sido presidente de la entidad durante los primeros ocho años de existencia y asegura que los inicios no fueron tan fáciles. «Cuando comenzamos, no esperábamos ni mucho menos llegar tan lejos. Empezamos con un grupo de niños, que se suponen que no podían participar en la Liga provincial. Aunque no éramos un club, jugamos como invitados, pero sin tener subvenciones y sin que nuestros jugadores pudieran ir a la selección. A finales de 1996 nos federamos como entidad deportiva y empezaron a llegar los éxitos En el año 2006 se cumplieron los primeros diez años desde que un grupo de linarenses que residían en el barrio de Santa Ana decidieran formalizar lo que había empezado como una aventura, dando a más niños la posibilidad de jugar competiciones provinciales y regionales.

Los primeros pasos la Asociación los dio en el campo de futbol de los barracones en la Barriada de Santa Ana, que también servían de patio de recreo del Colegio, también se encontraba por entonces la sede del club. Juan Tomas Alcaide Anguita, primero por la izquierda (arriba), sería ojeador del F.C. Barcelona de la zona de Andalucía oriental, en la actualidad sigue en la nómina del Barcelona. Los años posteriores, el club es referente a nivel autonómico, y provincial, participando en ligas autonómicas de categoría Juvenil, Cadete, Infantil, con buenos rendimientos.

El miércoles día 1 de junio de 2011 a las 21:00 horas se presentó en el Polideportivo de San José, el nuevo club de nuestra ciudad. Se llamará LINARES CLUB DE FÚTBOL 2011, nace de la fusión de la A.D. Santa Ana y el San José C.F. El martes 28 de febrero de 2012, Día de Andalucía, fue el día elegido para la presentación ante la afición del Linares C. F. 2011. Ante más de 1.500 personas que asistieron con cara de alegría para ver a la joven plantilla de la cantera del fútbol linarense.

Tras la fusión entre los clubes Linares C.F. 2011 y Atlético Linares Fútbol Sala, nace en nuestra ciudad un nuevo club se denominará LINARES CLUB DE FÚTBOL & FÚTBOL SALA, si bien el nuevo club conservará tanto la antigüedad como los números de registro del club más antiguo, en este caso el Linares C.F. 2011, que precisamente esta temporada celebra el XX aniversario de su creación. Este acuerdo que en principio fue promovido desde la Concejalía de Deportes del Excmo. Ayuntamiento de Linares, se ha producido tras largas negociaciones entre responsables de ambos clubes, llegando a su fin el 24 de junio de 2015, con la firma de este acuerdo.

El 23 de Septiembre de 2019 el Club modifica sus estatutos para cambiar su denominación por CLUB DEPORTIVO LINARES CLUB DE FÚTBOL, nombre con el que comienza a competir a nivel federativo a partir de la temporada 2020/2021.