Se formó con la unión de los equipos regionales de Níjar, el Campohermoso, y el CD San Isidro, en la Tercera División de España en el año 2000. En la temporada 2002-2003 estuvo a tan sólo una posición de clasificarse para la promoción de Ascenso a Segunda División B, pero finalmente no lo consiguió. Durante las siguientes temporadas ha tenido buenas actuaciones en Liga, pero sin promocionar.
Más tarde, en la temporada 2010-2011, se clasificó por primera vez (líder de grupo) en su historia para jugar la Promoción de ascenso a Segunda División B. En la primera eliminatoria de la promoción fue derrotado por el CF Villanovense, con un resultado global de 1-2. Lo que hizo que tuviera que disputar la segunda eliminatoria contra el La Nucía, donde consiguio un resultado global de 1-1, que obtuvo para clasificarse para la tercera y última ronda dado el factor cancha, para medirse finalmente frente al CF Reus Deportiu, perdiendo fuera el primer partido 2-0 y luego 0-1 en casa, quedando fuera de el play off de ascenso a Segunda B. También en el mismo año se clasificó para disputar la Copa del Rey de fútbol 2011-12 y fue derrotado fuera de su casa por el UCAM Murcia Club de Fútbol en la tanda de penaltis.

Tiene una gran cantera repartida por las divisiones andaluzas de diferentes categorías.